Вузы функционируют как независимые, бесприбыльные организации. Подготовка специалистов осуществляется на основе: а) госзаказов министерства, б) контрактов, заключаемых заинтересованными организациями, предприятиями, группами и отдельными лицами.
Финансирование деятельности вузов предусматривает оплату подготовки специалистов в рамках госзаказа, оплату подготовки специалистов по системе контрактных отношений, оплату работ, выполняемых по договорам с предприятиями, организациями и другими заказчиками. Соотношение доли средств, получаемых вузами в результате выполнения госзаказа и контрактов, не устанавливается и не планируется.
Предусматривается два варианта оплаты подготовки специалистов: а) прямая оплата процесса обучения студентов; б) отсроченная оплата стоимости обучения. При втором варианте вуз получает 75-80% средств, необходимых для организации процесса обучения. Оставшаяся часть выплачивается вузу только после 2-3 лет работы выпускника и прохождения им квалификационного экзамена.
Вузы самостоятельно разрабатывают программы финансирования учебного процесса, научной деятельности, оплаты труда персонала и т. д. Вузы также самостоятельно определяют организационную структуру, содержание учебного процесса. Количество кафедр-факультетов, численность штатов регулируются вузами в соответствии с задачами и имеющимися финансовыми возможностями.
Вузы имеют право предлагать свои услуги на мировом рынке подготовки медицинских кадров. Средства, получаемые от подготовки иностранных студентов, полностью остаются в бюджете вуза.
В вузах развивается контрактная система найма персонала. Предусматривается, что персонал вуза будет включать: а) постоянную часть преподавателей, научных работников, служащих; б) часть работников, заключивших контракты с вузом для выполнения определенной программы. Соотношение постоянной и временной частей персонала не планируется, определяется в соответствии с целями и условиями деятельности вуза.