Під внутрішньопопуляційною структурою розуміють поділ популяції на групи особин, які відрізняються за тими, чи іншими властивостями. Залежно від обраного критерію оцінки існує декілька видів внутрішньопопуляційної структури.
Статева структура популяції. Особливості статевої структури популяції визначаються їхньою видовою належністю. Під статевою структурою мають на увазі співвідношення особин різної статі. Співвідношення чоловічої і жіночої статей в популяції має важливе екологічне значення, так як воно безпосередньо пов’яязане із потенціалом її розмноження. і впливом на життєдіяльність всієї екосистеми. Причому стосується це тільки роздільностатевих організмів. Одностатеві популяції складаються лише з жіночих особин і розмножуються патогенезом (розвиток яйцеклітини відбувається без запліднення). У природі поширеніші двостатеві популяції. Співвідношення особин різної статі в популяціях при генетичному контролі складає приблизно 50% на 50%. В людському суспільстві співвідношення статей також відповідає цій пропорції.
Необхідно пам’ятати, що стать контролюється ще і середовищем, тому можуть спостерігатися і відхилення від цього співвідношення.
Вікова структура популяцій.
У кожній популяції завжди є групи різновікових особин, співвідношення яких характеризує здатність популяції до розмноження. Відрізняють три стадії віку: передпродуктивний, продуктивний і постпродуктивний. Тривалість цих стадій у різних організмів дуже відрізняється. При сприятливих умовах у популяції присутні всі вікові групи, які забезпечують відносно стабільний рівень її чисельності. На віковий склад популяції впливають тривалість життя особин, період досягнення статевої зрілості, тривалість періоду розмноження, плодючість і смертність вікових груп. Такі популяції називаються поліциклічними. Популяції, які складаються з особин одного віку, називають моноциклічними (більшість трав’яних рослин, комах).
Якщо покоління нових особин з’являється у популяції одноразово та перехід з одного вікового стану до іншого йде синхронно, то в такій популяції вікова структура не виражена (культурні рослини).