Окончил исторический факультет Иркутского государственного университета им. А. Жданова (1982).
По окончании университета преподавал и поступил в аспирантуру Новосибирского государственного университета.
В сентябре 1985 г. поступил в Ленинградскую Духовную семинарию, а в 1988 г. в Ленинградскую Духовную академию. 30 марта 1990 г. был пострижен в монахи с именем Иоанн, в честь святителя Иоанна, митрополита Тобольского и всея Сибири, чудотворца.
4 апреля 1990 г. был рукоположен в сан диакона, а 7 апреля, в день Благовещения Пресвятой Богородицы, рукоположен в сан пресвитера.
4 апреля 1993 года в Богоявленском соборе за Божественной литургией была совершена хиротония во епископа Белгородского, викария Курской епархии.
В феврале 1995 г. решением Синода назначен председателем группы по планированию возрождающейся православной миссии на канонической территории Русской Православной Церкви.
В декабре 1995 г. создал Миссионерский Православный благотворительный фонд Русской Православной Церкви, в который в качестве учредителей вошли РАО «ГАЗПРОМ», банк «Кремлевский» и др.
В декабре 1995 г. решением Синода был назначен председателем Миссионерского отдела Русской Православной Церкви.
18 июня 1995 г. определением Священного Синода, в связи с образованием Белгородско-Старооскольской епархии, был назначен епископом Белгородским и Старооскольским.
18 февраля 1999 г. за многие труды по устроению Матери-Церкви возведен в сан архиепископа.
В настоящее время архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн является председателем Миссионерского отдела Московского Патриархата Русской Православной Церкви, ректором Белгородской духовной семинарии с миссионерской направленностью, главным редактором журнала «Миссионерское обозрение», председателем Комиссии по духовной безопасности Экспертного совета по национальной, миграционной политике и взаимодействию с религиозными объединениями при полномочном представителе Президента Российской Федерации в Центральном федеральном округе.
В Поздравительном слове Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в связи с 10-летием архиерейской хиротонии владыки Иоанна отмечается его существенный вклад в организацию и развитие миссионерского служения, в восстановлении прерванной некогда традиции церковного свидетельства, порушенных святынь и душ человеческих, а также общественного согласия и мира.
Архиепископ Иоанн выступал с докладами на многих международных форумах и на Архиерейском Соборе РПЦ. Инициатор, организатор и деятельный участник трех Всецерковных съездов епархиальных миссионеров РПЦ, многих международных и всероссийских конференций, чтений и т.п. Автор ряда работ по вопросу миссионерского служения, актуальным духовно-цивилизационным проблемам и духовной безопасности.