Одно из основных понятий файловой системы MS-DOS — логический диск. В некотором приближении можно считать, что это отдельный магнитный диск. Каждый логический диск имеет свое уникальное имя.
В качестве имени логического диска используются буквы английского алфавита от А до Z (включительно). Количество логических дисков, таким образом, не более 26. Буквы А и В отведены строго под имеющиеся в IBM PC дисководы гибких магнитных дисков (НГМД, FDD). Начиная с буквы С: именуются логические диски (разделы) НЖМД (HDD), затем — дисководы оптических дисков (CD ROM). В случае, если Данный компьютер имеет только один НГМД, буква В: пропускается. Только логические диски А: и С: могут быть системными (содержать модули MS-DOS).
Для обеспечения доступа к файлам — файловая система MS-DOS организует и поддерживает на логическом диске файловую систему FAT.
Физическое размещение ОС MS-DOS: 0-й сектор — загрузчик, 1 —18-й секторы — основная и дублирующая таблицы FAT, 19—20-й секторы — корневой каталог, 33—... IO.SYS, MSDOS.SYS.
MS-DOS обеспечивает две технологии обслуживания файлов. Первая была разработана при создании версий 1.Х. Эта технология основана на использовании структур данных, называемых блоками управления файлом (FCB). В то время подавляющее большинство компьютеров работало под управлением операционной системы СРМ. Блоки FCB обеспечивали совместимость файлов MS-DOS с файлами этой системы. При разработке MS-DOS версий 2.Х, когда была предложена иерархическая структура организации файлов, была разработана вторая технология их обслуживания. Она основана на использовании ссылок на управляющую запись файла и не требует организации FCB.