Многолетние колебания воды в озере зависят от климатических факторов. Сезонные колебания определяются в основном притоком воды как русловым, так и распределенным (особенно в период таяния снегового покрова). Колебания уровня воды в озерах также зависят от соотношения элементов водного баланса. Если приходная часть уравнения водного баланса больше расходной, уровень воды в озерах растет, увеличивается объем водной массы и наоборот.
Краткосрочные изменения уровня воды в озерах могут быть вызваны ветровой деятельностью (за счет ветра формируется нагон воды на одном берегу и сгон на другом). Разность атмосферного давления над отдельными частями водоема приводит также к возникновению перекосов водной поверхности (деневеляций), что приводит к изменению уровня без изменения объема водной массы. Так образуются сейши –стоячие волны большого периода. При этом колеблется вся водная масса вокруг неподвижной оси, называемой узлом сейши.