Заражені клітини містять звичайно, крім віріонів, різні вірусні білки-антигени. Ці антигени виникають в результаті надлишкового синтезу вірусних компонентів, що не увійшли до складу віріонів потомства, або внаслідок деструкції віріонів, наприклад, в макрофагах. Антигенні властивості мають також неструктурні вірусні білки, утворені в процесі інфекції.
Вірусні антигени локалізуються в різних структурах клітини залежно він природи вірусів - в ядрі, ядерці, цитоплазмі, на поверхні клітинної мембрани, що доступно візуальному спостереженню завдяки використанню методів РІФ або ІФА. Вірусні антигени, розташовані на плазматичній мембрані, можуть стати об’єктом дії антитіл та імунокомпетентних клітин, тобто підлягати цитолізу за участю комплементу, фагоцитозу або цитотоксичній дії Т-лімфоцитів. В заражених клітинах можуть виникати так звані нові антигени, не ідентичні ні вірусним, ні клітинним антигенам. Не являючись структурними компонентами вірусу і нормальної, неінфікованої, клітини і серологічно відрізняючись від них, нові антигени разом з тим характеризуються специфічністю, що визначається вірусом, а не клітиною. Поява нових антигенів у заражених клітинах свідчить про природу вірусу, що спричинив їх синтез. Особливо важливе значення має виявлення нових антигенів у клітинах. Трансформованих під дією онкогенних вірусів.
Серед нових антигенів, індукованих онкогенними вірусами, розрізняють антигени Т (від лат. tumor - пухлина) і трансплантаційні.
Антигени Т з’являються на початкових стадіях репродукції вірусів. Їх виявляють методом РІФ в ядрі або цитоплазмі інфікованої клітини в залежності від того, який вірус - ДНК чи РНК-геномний – спричинив їх синтез. Специфічним реактивом для їх виявлення є не противірусна сироватка, а сироватка тварин з первинними або трансплантованими вірусіндукованими пухлинами. Клітини, що містить антигени Т, можуть розмножуватися тривалий час, не втрачаючи їх. Поява антигенів Т є ранньою ознакою процесу, що призводить до трансформації клітин.
Трансплантаційні антигени з’являються пізніше, коли вже настає трансформація клітин. Зони локалізуються на поверхні плазматичної мембрани трансформованих клітин і зумовлюють у дорослих тварин специфічну резистентність до інокуляції пухлинних клітин, яка визначається видом вірусу.
Вірусні антигени - віріонні та вірусіндуковані - мають велике значення для імунітету. Будучи чужорідними для організму, вони стимулюють виникнення клітинних і гуморальних захисних реакцій.