Генетика вначале была использована для борьбы против дарвинизма. Устойчивость генов трактовалась как их неизменность. Мутационная изменчивость отождествлялась непосредственно с видообразованием и, как казалось, как будто отменяла естественный отбор в качестве главного фактора эволюции. Но уже к концу 20-х годов XX в. становилось все яснее, что генетика раскрывает конкретный механизм изменчивости, соотношение свойств организма и характера внешних воздействий в возникновении индивидуальных изменений.
Основатель мутационной теории Гуго де Фриз считал, что каждая мутация ведет к возникновению нового вида и сводил эволюцию к простому накоплению мутаций. На самом деле мутации лишь поддерживают наследственную неоднородность популяций и других эволюционных групп. Но это необходимое, но еще недостаточное условие эволюционного процесса. Необходимы также необратимые изменения среды — как абиотические по своему происхождению (изменения климата, горообразование и т.п.), так и биогенные, порожденные самой жизнью, к которым присоединились антропогенные, обусловленные человеческой деятельностью.
Генетика на молекулярном уровне представляет прочный фундамент для современного дарвинизма. С помощью своих понятий она раскрыла механизм микроэволюции. Большое значение для понимания конкретного хода видообразования и действия естественного отбора имеют исследования в области, пограничной между эволюционным учением, экологией и генетикой — генетики популяций (совокупности организмов данного вида, проживающих в одной местности и находящихся в постоянном контакте, обеспечивающем самовоспроизведение и трансформацию данной совокупности). Именно в генетике популяций обнаруживается необходимость связи микроэволюции с макроэволюцией. Одной микроэволюции, одной генетики недостаточно. Она не дает ответа на вопрос, что же определяет направление эволюционных преобразований. Это определяет внешняя среда, что и раскрывает непосредственно сама эволюционная теория.
Важную роль в объединении генетики и эволюционной теории, в разработке генетики популяций, сыграли С.С. Четвериков, Н.П. Дубинин и другие русские ученые. В 40—50-е годы XX в. И.И. Шмальгаузен, опираясь на достижения генетики, конкретизировал учение о естественном отборе, выделив две его формы: стабилизирующий отбор и ведущий отбор.
Выясняя соотношение эволюционного учения и современной генетики, необходимо четко уяснить, что речь идет о двух различных уровнях организации живой природы: видового (надиндивидуального) и молекулярно-генетического (субиндивидуального). В сущности эта проблема сводится к выяснению действия механизмов естественного отбора на видовом и молекулярно-генетическом уровнях.