Ставки збору за спеціальне використання вод встановлюються:
— для поверхневих вод - на основі техногенного навантаження, якості води в даних водних об'єктах, їх здатності до самоочищення (самовідновлення), кількості водокористувачів (див. табл. 16.1);
— для підземних вод - з урахуванням якості води, кількості водокористувачів та, відповідно, запасів підземних вод (див. табл. 16.2).
Таблиця 16.1 Ставки збору за спеціальне використання поверхневих вод
| Басейни річок, включаючи притоки всіх порядків | Ставки збору, грн/100 куб.м |
| Дніпра на північ від м. Києва (Прип'яті та Десни), включаючи м. Київ | 26,97 |
| Дніпра на південь від м. Києва (без Інгульця) | 25,65 |
| Інгульця | 39,12 |
| Сіверського Дінця | 52,60 |
| Південного Бугу (без Інгулу) | 29,66 |
| Інгулу | 36,39 |
| Дністра | 16,16 |
| Вісли та Західного Бугу | 16,16 |
| Пруту та Сірету | 12,14 |
| Тиси | 12,14 |
| Дунаю | 10,82 |
| Річок Криму | 53,93 |
| Річок Приазов'я | 64,75 |
| Інших водних об'єктів | 29,66 |
Таблиця 16.2 Ставки збору за спеціальне використання підземних вод
| Ставки збору, грн/100 куб. м | |
| Автономна Республіка Крим, | 49,87 |
| у тому числі м. Севастополь | 49,87 |
| Області: | |
| Вінницька | 43,11 |
| Волинська | 44,53 |
| Дніпропетровська | 37,77 |
| Донецька | 51,26 |
| Житомирська | 43,11 |
| Закарпатська | 28,32 |
| Запорізька: Веселівський, Мелітопольський, Приазовський, Якимівський райони | 43,11 |
| решта районів області | 39,12 |
| Івано-Франківська: Богородчанський, Верховинський, Долинський, Косівський, Надвірнянський, Рожнятівський райони | 67,42 |
| решта районів області | 37,77 |
| Київська: Білоцерківський, Бородянський, Броварський, Васильківський, Іванківський, Кагарлицький, Киево-Святошинський, Макарівський, Миронівський, Обухівський, Поліський райони | 31,34 |
| Решта районів області | 36,97 |
| Кіровоградська | 49,87 |
| Львівська | 39,12 |
| Луганська | 56,62 |
| Миколаївська | 56,62 |
| Одеська | 47,20 |
| Полтавська: Великобагачанський, Гадяцький, Зіньківський, Лохвицький, Лубенський, Миргородський, Новосанжарський, Решетилівський, Хорольський, Шишацький райони | 29,16 |
| Решта районів області | 32,51 |
| Рівненська: Володимирецький, Здолбунівський, Костопільський, Рівненський, Сарненський, Острозький райони | 34,79 |
| Решта районів області | 40,40 |
| Сумська: Глухівський, Сумський, Роменський, Шосткинський райони | 32,51 |
| Решта районів області | 37,01 |
| Тернопільська | 52,60 |
| Харківська | 40,44 |
| Херсонська | 40,44 |
| Хмельницька: Деражнянський, Красилівський, Летичівський, Старокостянтинівський, Хмельницький, Полонський, Шепетівський райони | 33,72 |
| Решта районів області | 51,26 |
| Черкаська | 29,16 |
| Чернівецька | 47,20 |
| Чернігівська: Городнянський, Корюківський, Ічнянський, Сосницький, Щорський, Талалаївський райони | 40,44 |
| решта районів області | 31,61 |
| м. Київ | 40,29 |
Збір за спеціальне використання води водних об'єктів обчислюється, виходячи з фактичних обсягів використаної води водних об'єктів з врахуванням обсягу втрат води в їх системах водопостачання, встановлених у дозволі на спеціальне водокористування лімітів використання води, ставок збору та коефіцієнтів.
До ставок збору, житлово-комунальними підприємствами застосовується коефіцієнт 0,3, а для теплоелектростанцій з прямоточною системою водоспоживання збір за фактичний обсяг води, що пропускається через конденсатори турбін для охолодження конденсату, обчислюється із застосуванням коефіцієнта 0,005 відповідно до ставок збору.
За умови використання води з лиманів платниками збору застосовується ставка збору, встановлена за спеціальне використання поверхневих вод відповідно до показника «Інші водні об'єкти» пункту 325.1 Податкового кодексу України, на рівні 29,66 грн. за 100 куб. м забраної води.