Інтерферон - складний препарат, який викликає величезну кількість побічних ефектів. Саме тому його призначають далеко не кожному потребуючому.
У більшості випадків побічні ефекти виникають при парентеральному застосуванні. Проте їх розвиток можливий і від свічок, мазей або інших фармацевтичних форм. Під час курсу лікування інтерферон викликає побічні ефекти як з боку центральної нервової та серцево-судинної систем, так і з боку шлунково-кишкового тракту, органів чуття, кровотворення та інших. З боку органів чуття цілком можливо розвиток таких побічних ефектів як: ішемічна ретинопатія, параліч нервів, які відповідають за рух очей, а також значне порушення зору. З боку шкіри можливі кропив'янка, свербіж, печіння, сухість шкіри, герпес, фурункульоз, а також різні висипи шкірного покриву. Велике значення мають психопатологічні порушення, в тому числі інтерферон-індуковані депресії. До недавнього часу переважала думка, що наявність депресії (в тому числі в анамнезі) служить протипоказанням до призначення інтерферонів; у випадку розвитку депресії при застосуванні інтерферону, лікування рекомендувалося негайно припинити, в першу чергу через високий суїцидальний ризик таких станів. Проте дослідження останніх років виявили безсумнівний терапевтичний ефект антидепресантів для корекції афективних порушень у хворих, які отримують інтерферон.