DOS надає програмі можливість працювати з так званими логічними номерами секторів. Це номери секторів в середині логічного диску. Для адресації сектору при допомозі функцій BIOS необхідно вказувати номер доріжки, номер головки та номер сектора на доріжці. DOS організує „наскрізну” нумерацію секторів, при якій кожному сектору логічного диску присвоюється свій унікальний номер. Порядок нумерації вибраний таким, що при послідовному збільшенні номера сектора спочатку збільшується номер головки, потім номер доріжки. Це зроблено для скорочення переміщень блоку головок при звертанні до послідовних логічних номерів секторів.
Наприклад: Для дискети з 9-а секторами на доріжці. Сектор з логічним номер 1 розташований на нульовій доріжці і для звернення до нього використовується нульова головка. Це самий перший сектор на доріжці. В термінах BIOS він має номер 1. Наступний сектор на нульовій доріжці має логічний номер 2, останній сектор на нульовій доріжці має логічний номер 9. Сектор з логічним номером 10 розташований також на нульовій доріжці. Це також самий перший сектор на доріжці, а для доступу до нього використовується головка з номером 1. І так далі, при збільшенні логічного номеру сектора змінюються номера головки та доріжок.
Для роботи з логічним диском (або дискетою) на рівні логічних номерів секторів, DOS надає програмам два переривання: INT25h – читання сектору за його логічним номером, INT26h – запис сектору за його логічним номером.
Вміст BOOT-сектору може бути використаний для визначення загальної кількості секторів на логічному диску (наприклад, в програмах перевірки секторів диску на читання), для роботи з таблицею розміщення файлів FAT та інше.