1. Близнецовый метод - наследование признаков у близнецов с целью оценки соотносительной роли наследственности и среды в развитии признака
2. Цитогенетический метод - изучение хромосом с помощью микроскопа
3. Популяционно-статистический - изучение распространения отдельных генов или хромосомных аномалий в популяциях
4. Мутационный метод - обнаружение мутаций и их наследование в зависимости от способа размножения организма
5. Рекомбинационный метод - выявление рекомбинаций по отдельным парам генов в одной хромосоме и составление на этой основе генетических карт хромосом с указанием относительного расположения отдельных генов
6. Биохимический метод - установление последовательности аминокислот в полипептидной цепи и определении мутаций на этой основе
7. Метод математического моделирования - изучение процессов сцепления и взаимодействия генов
8. Метод гибридизации соматических клеток - культивирование соматических клеток и тканей на питательных стерильных средах
9. Дополнительные методы - иммунологические , физиологические , психологические , метод условных рефлексов и т. д.