Для защиты от проникновения вирусов необходимо проводить мероприятия, исключающие заражение программ и данных компьютерной системы. Основными источниками проникновение вирусов являются коммуникационные сети и съёмные носители информации.
Для исключения проникновения вирусов через коммуникационную сеть необходимо осуществлять автоматический входной контроль всех данных, поступающих по сети, который выполняется сетевым экраном (брандмауэром), принимающим пакеты из сети только от надёжных источников. Проверять всю электронную почту на наличие вирусов, а почту, полученную от неизвестных источников удалять не читая.
Для исключения проникновения вирусов через съёмные носители необходимо ограничить число пользователей, которые могут записывать на жёсткий диск файлы и запускать программы со съёмных носителей. Обычно это право даётся только администратору системы. В обязательном порядке при подключении съёмного носителя проверять его специальной антивирусной программой.