Сертифікацію систем якості в Системі проводять органи з сертифікації ситеми якості (надалі - органи з сертифікації), що акредитовані в Системі на право проведення цієї роботи, а в разі їх відсутності - організації, яким доручено виконання функцій органу з сертифікації за рішенням Держстандарту України.
Вимоги до органу з сертифікації систем якості встановлені в ДСТУ 3420-96 "Система сертифікації УкрСЕПРО. Вимоги до органів з сертифікації систем якості та порядок їх акредитації".
Сертифікація систем якості проводиться за ініціативою виробника продукції або за рішенням органу з сертифікації продукції, коли це передбачено схемою (моделлю) сертифікації, або за вимогою інших незалежних організацій (відомств), яким надані державою повноваження на оцінку системи управління якості продукції, що постачається.
Сертифікація систем якості щодо виробника певної продукції проводиться з метою засвідчення відповідності системи якості вимогам ДСТУ І50 9001-2001 і ДСТУ ІЗО 9004-2001 і забезпечення упевненості в тому, що виробник здатний постійно випускати продукцію, яка відповідає вимогам нормативних документів, продукція незадовільної якості своєчасно виявляється, а виробник вживає заходів щодо запобігання виготовленню такої продукції на постійній основі.
Під час проведення сертифікації системи якості треба забезпечити конфіденційність інформації про результати сертифікації, що є комерційною таємницею. Але це не повинно перешкоджати поданню у встановленому порядку інформації про сертифікацію систем якості.
Об'єктами оцінок при сертифікації систем якості та технічному нагляду за сертифікованими системами є: діяльність з управління і забезпечення якості відповідно до вимог ДСТУ ІЗО 9001-2001 і ДСТУ ІЗО 9004-2001 та іншої додаткової документації щодо оцінки системи якості; стан виробництва з погляду можливості забезпечення стабільної якості продукції, яка підлягає сертифікації; якість продукції (на підставі аналізу інформації з різних джерел).
Одержання виробником сертифіката на систему якості не означає, що відповідальність за забезпечення якості відповідної продукції перекладається з виробника на орган, який проводив сертифікацію.