Нервную анорексию следует дифференцировать с депрессией, органическим поражением гипоталамо-гипофизарной системы (болезнь Симонса, болезнь Шихана), а также с эпизодами анорексии у истерических личностей.
Для депрессии наряду с отказом от еды характерны снижение настроения, самооценки, суицидальные мысли, моторная и когнитивная заторможенность. Однако существуют данные, что в основе «сезонных колебаний веса» и «вечерней тяги к углеводам, в частности к сладкому», лежит депрессия. Поэтому дифференциальный диагноз часто выставляется ex juvantibus.
Болезнь Шихана возникает у девочек в позднем пубертате, сопровождается кахексией, астенией и проходит после первых родов.
Болезнь Симонса начинается в среднем возрасте, сопровождается психоэндокринным синдромом, галлюцинаторно-параноидными психозами и кахексией. При этом падение веса при органических поражениях мозга чаще не сопровождается снижением аппетита. Анорексия у истерических личностей носит преходящий характер и понятна в контексте диссоциативной личности.