Причины детского аутизма до конца не известны.
Существует ряд клинически и экспериментально подтвержденных гипотез об этиопатогенезе расстройства:
1) Слабость инстинктов и аффективной сферы;
2) информационная блокада, связанная с расстройствами восприятия;
3) нарушение переработки слуховых впечатлений, ведущее к блокаде контактов;
4) нарушение активирующего влияния ретикулярной формации ствола мозга;
5) нарушение функционирования лобно-лимбического комплекса, ведущее к расстройству мотивации и планирования поведения;
6) искажения обмена серотонина и функционирования серотонинэргических систем мозга;
7) нарушения парного функционирования полушарий головного мозга.
Наряду с этим существуют психологические и психоаналитические причины расстройства. Существенную роль играют генетические факторы, так как в семьях, страдающих аутизмом, данное заболевание встречается чаще, чем среди населения в целом. Аутизм в какой-то мере связан с органическим мозговым расстройством (часто в анамнезе сведения об осложнениях в период внутриутробного развития и при родах), корреляция с эпилепсией в 2% случаев (по некоторым данным, в общей детской популяции эпилепсии в 3,5%). У некоторых больных выявлены диффузные неврологические аномалии — «мягкие признаки». Специфические нарушения ЭЭГ отсутствуют, но обнаружена различная ЭЭГ патология у 10—83% аутичных детей.