СО и морфемная структуры слова тесно взаимосвязаны. Значительная часть производных слов русского языка характеризуется соотносительной СО и морфемной структурой, т.е. они совпадают, ех: моряк, танкист, соавтор, выписать. А данных примерах корневая морфема представляет собой основу производящего слова, т.е. является СО базой соответствующего производного, поэтому СО структура = морфемной.
Часто СО и морфемная структуры слова существенно различаются. Это имеет место в тех случаях, когда основа производного слова состоит из двух и более морфем, ех: учи-тель – учи-тель-ств-о, но учитель-ство; ус-ат-еньк-ий – усат-енький; взлететь – взлет, уколоть – укол.
Иногда в качестве СО форманта выступает несколько служебных морфем, ех: под-снеж-ник, при-школь-ный, банкрот-и-ть-ся. Т.о. СО структура слова и морфемная – это разные явления. Принципиальное различие между ними состоит в том, что СО структура слова предполагает наличие в его составе двух непосредственно составляющих элементов: производящей базы и форманта, а морфологическая предполагает наличие в нем минимальных неделимых значимых единиц – корневых и служебных морфем.
При морфемном анализе все входящие в состав слова морфемы выявляются путем соотнесения этого слова с другими однокоренными словами, а также с другими грамматическими формами.