Монастырь в наши дни. На территории монастыря сохранились некоторые строения - при входе в монастырские ворота с правой стороны стоит здание настоятельских покоев, с левой - кельи, напротив школы, к западу от нее - переделанное здание бывшей трапезной с больничной церковью, а вокруг еще остались остатки стен монастыря.
Уцелевшие монастырские постройки перестроили под жилые дома. Со временем некоторые из них перестроили и отдали учреждениям. До неузнаваемости был перестроен храм Сошествия Святого Духа. Надвратная церковь сохранилась и была внешне отреставрирована в 1960-е годы. В ней размещалась научно-исследовательская лаборатория по консервации и реставрации.
В 1990 г. настоятельский корпус и кельи занимал почтовый ящик. В других зданиях размещались комитет международного совета по охране памятников и научно-методический совет, профтехучилище, проектный институт, школа. Монастырский комплекс реставрируется уже 40 лет, но до сих пор работа не завершена. Сейчас в монастыре проживает 25 насельниц. Как и раньше, при монастыре устроены богадельня, воскресная школа, швейная и иконописная мастерские, издательство, пекарня и просфорня.
В новом трапезном корпусе устроен и освящен храм Зачатья св. прав. Анны. При монастыре действуют два подворья в Московской области в деревне Барвиха и в Ярославской области. Чудотворная икона Богоматери Милостивая временно пребывала в Обыденском храме, с нее был сделан список, на котором, в отличие от чудотворного образа на списке, Царица Небесная изображена с настоятельским жезлом.
Вскоре после своего водворения в храме список стал мироточить. И вот, в праздник иконы Божией Матери Милостивая, 25 ноября 1999 года чудотворный образ был возвращен в Зачатьевский монастырь. Торжественный крестный ход прошел по старым московским улочкам от храма святого пророка Илии до обители. В нем участвовал Патриарх Алексий II, четыре архипастыря, множество священников и мирян Русской Православной Церкви. В монастыре Святейшим Патриархом была отслужена Божественная литургия. Предстоятель Русской Православной Церкви поздравил насельниц с возвращением чудотворного образа и пожелал, чтобы святыня укрепляла мать-игуменью, духовенство, сестер обители и всех тех, кто приходит в Зачатьевский монастырь на общую молитву.
Служение Святейшего ПатриархаАлексия II в день празднования Милостивой иконы Божией Матери. Предстоятель Русской Православной Церкви вручил игуменье Иулиании посох последней настоятельницы монастыря как символ того, что отныне ей вручается попечение о насельницах обители.
Святейший Патриарх пожелал милости Царицы Небесной в дальнейшем возрождении монастыря. Зачатьевский женский ставропигиальный монастырь находится под покровительством самого Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Ставропигиальные монастыри управляемые непосредственно Патриархом или Святым Синодом и пользующиеся особыми привилегиями. Название, взятое из греческого языка и означающее утверждаю крест, указывает, что крест в этих монастырях водружали Патриархи.
Внутренний вид храма Зачатия св. прав. Анны Богослужения в монастырских храмах совершаются ежедневно Божественная Литургия в 8 часов Вечернее богослужение в 17 часов. Монастырь принимает пожертвования от мирян на расчетный счет 4070381070039031 БИК 044525219 ксч. 3010181050219 МББ Банк Москвы г. Москва.