Органная музыка в Германии ко времени Баха уже обладала давними традициями, сложившимися благодаря предшественникам Баха — Пахельбелю, Бёму, Букстехуде и другим композиторам, каждый из которых по-своему влиял на него. Со многими из них Бах был знаком лично.
В течение жизни Бах был больше всего известен как первоклассный органист, преподаватель и сочинитель органной музыки. Он работал как в традиционных для того времени «свободных» жанрах, таких как прелюдия, фантазия, токката, пассакалья, так и в более строгих формах — хоральной прелюдии и фуги. В своих произведениях для органа Бах умело соединял черты разных музыкальных стилей, с которыми он знакомился в течение жизни. На композитора оказала влияние как музыка северонемецких композиторов (Георг Бём, с которым Бах встретился в Люнебурге, и Дитрих Букстехуде в Любеке), так и музыка южных композиторов: Бах переписывал себе произведения многих французских и итальянских композиторов, чтобы понять их музыкальный язык; позже он даже переложил несколько скрипичных концертов Вивальди для органа. В течение наиболее плодотворного для органной музыки периода (1708—1714) Иоганн Себастьян не только написал много пар прелюдий, токкат и фуг, но и сочинил неоконченную Органную книжечку — сборник из 46 коротких хоральных прелюдий, в котором демонстрировались различные техники и подходы к сочинению произведений на хоральные темы. После отъезда из Веймара Бах стал меньше писать для органа; тем не менее, после Веймара были написаны многие известные произведения (6 трио-сонат, сборник «Clavier-Übung» и 18 Лейпцигских хоралов). Всю жизнь Бах не только сочинял музыку для органа, но и занимался консультированием при постройке инструментов, проверкой и настройкой новых органов.