PGP представляет собой гибридную систему, которая включает в себя алгоритм с открытым ключом (асимметричный алгоритм) и обычный алгортм с секретным ключом (симметричный алгоритм), что дает высокую скорость, характерную для симметричных алгоритмов и существенные удобства, характерные для криптографии с открытым ключом. С точки зрения пользователя PGP ведет себя как система с открытым ключом. В криптосистемах с открытым ключом генерируется с помощью специального математическог алгоритма пара ключей - один открытый и один секретный. Сообщение шифруется с помощью одного ключа, и дешифруется с помощью другого (причем неважно каким именно из двух ключей производится шифрование). Сообщение нельзя расшифровать с помощью ключа шифрования. Обычно вы опубликовываете свой открытый ключ, делая его доступным любому, кто захочет послать вам зашифрованное сообщение. Такой человек зашифрует сообщение вашим открытым ключом, при этом ни он сам, ни кто другой не могут расшифровать шифрованное сообщение. Только вы можете расшифровать сообщение, то есть тот человек, который имеет секретный ключ, соответствующий открытому ключу. Очевидно, что секретный ключ должен храниться в секрете своим обладателем.
Огромным преимуществом такого способа шифровки является то, что в отличие от обычных методов шифрования, нет необходимости искать безопасный способ передачи ключа адресату. Другой полезной чертой таких криптосистем является возможность создать цифровую "подпись" сообщения, зашифровав его своим секретным ключом. Теперь, с помощью вашего открытого ключа любой сможет расшифровать сообщение и таким образом убедиться, что его зашифровал действительно владелец секретного ключа.
PGP использует для шифрования алгоритм с открытым ключом RSA в паре с обычным методом шифрования IDEA. В методе IDEA для шифрования используется один ключ, и как и в других симметричных криптосистемах, тот же ключ дешифровывает сообщение. PGP использует алгоритм RSA для зашифровки ключа IDEA с помощью открытого ключа адресата. Адресат приняв сообщение с помощью PGP расшифрует этот секретный ключ IDEA. Далее остальная часть сообщения расшифровывается принимающей стороной методом IDEA.