В самом убежище сначала радтараканы, затем супермутанты-бестии и супермутанты-мастера. Дорога там одна, полна врагов и лута. В экспериментальном отсеке с вами заговорит по интеркому супермутант из камеры на углу. Попросит отпустить его, за что он поможет достать ГЕКК. Идите в правое ответвление, ломайте конслоли (опыт) и уничтожайте сидящих там монстров. Мужика, в смысле – человека можете выпустить, но делайте это скрытно. Он набросится на двух мутантов в конце коридора, а когда с ним покончат (или он покончит с ними) можете добить оставшихся. В генераторной можно взломать консоль и открыть выборочную дверь. В нашем случае это камера-изолятор №5. Поговорите с Фоксом.
Ну а теперь просто идите за ним и собирайте добро с трупов. Получив ГЕКК, идите к выходу. Сюрприз.