В Windows NT/2000/XP и Windows Server 2003 элементы реестра хранятся в виде атомарной структуры. Реестр подразделяется на составные части, которые разработчики этой операционной системы назвали ульями (hives) по аналогии с ячеистой структурой пчелиного улья. Улей представляет собой дискретную совокупность ключей, вложенных ключей и параметров, берущую начало в вершине иерархии реестра. Отличие ульев от других групп ключей состоит в том, что они являются постоянными компонентами реестра. Ульи не создаются динамически при загрузке операционной системы и не удаляются при ее остановке. Таким образом, ключ HKEY_LOCAL_MACHINE\Hardware, который строится динамически распознавателем аппаратных средств при запуске операционной системы, ульем не является.
Данные ульев реестра хранятся в файлах, которые находятся в каталогах %SystemRoot%\system32\Config, и %SystemDrive%\ Documents and Settings\%Username% (Windows 2000, Windows XP и Windows Server 2003).
Каждый улей реестра ассоциирован с набором стандартных файлов.
Таблица 10 Стандартные файлы, обеспечивающие поддержку ульев реестра Windows NT/2000/XP
| Ветвь реестра | Имена файлов |
| НКЕY_LOCAL_MACHINE\SAM | Sam, Sam. log, Sam.sav |
| HKEY_LOCAL_MACHINE\Security | Security, Security.log, Security. sav |
| HKEY_LOCAL_MACHINE\Software | Software, Software.log, Software. sav |
| HKEY_LOCAL_MACHINE\System | System, System.log, System. sav |
| HKEY_CURRENT_CONFIG | System, System.log, System. sav |
| HKEY_USERS\.DEFAULT | Default, Default.log, Default.sav |
| (Файлы, не ассоциированные ни с одним ключом) | Userdiff, Userdiff.log, Userdifr, Userdifr.log |
| HKEY_CURRENT_USER | Ntuser.dat, Ntuser.dat.log |