Конфликт парламента и армии вторая гражданская война. Все это время Кромвель сохранял за собой место в парламенте и появлялся там, как только представлялась возможность.
В 1644 он сыграл ключевую роль в принятии Билля о самоотречении, в соответствии с которым члены парламента, занимавшие командные посты в армии, должны были уйти с них, с тем чтобы в армию могла влиться новая кровь. Это открывало дорогу для назначения главнокомандующим аполитичного Томаса Ферфакса. Кромвель был готов сложить свои командирские полномочия, однако, уступив настояниям Ферфакса, остался, чтобы принять участие в битве при Нейзби.
Кромвель не преуменьшал свои дарования, но на протяжении всей жизни приписывал победы Вседержителю. Именно свойственная Кромвелю в высшей степени самостоятельная, глубоко личная пуританская вера побудила его поднять оружие против короля и вдохновляла в битвах. Когда заключался союз с шотландцами, по которому в обмен на помощь в борьбе с роялистами пресвитерианство распространялось на всю Англию, Кромвель оговорил гарантии свободы вероисповедания себе самому и своим друзьям-индепендентам.
Но на первых порах он предоставил право определять будущую форму государственного устройства гражданским руководителям парламента, в большинстве своем пресвитерианам. Однако обнаружилось, что палата общин покинутая сторонниками короля еще в начале войны и жалкие остатки палаты лордов стремятся навязать жесткую пресвитерианскую структуру всей Англиканской церкви и распустить по домам солдат Ферфакса, в большинстве своем индепендентов, не выплатив им сколько-нибудь удовлетворительного вознаграждения за службу.
Поначалу Кромвель, как член парламента и человек, пользовавшийся огромным авторитетом в армии, пытался выступить в роли посредника между парламентом и солдатами, но в конечном счете был вынужден сделать выбор, связав свою дальнейшую судьбу с армией. Он приложил немалые усилия к тому, чтобы достичь соглашения с королем, которого шотландцы передали как пленника парламенту в феврале 1647, прежде чем их войска покинули Англию.
Кромвель не возражал против объявления пресвитерианской церкви государственной церковью, однако настаивал на том, чтобы вне ее было позволено существовать пуританским сектам индепендентам. Ведя от лица армии переговоры с парламентом и королем относительно послевоенного устройства, Кромвель неизменно проявлял неуступчивость в этом вопросе. В то же время он действовал в качестве посредника внутри самой армии, пытаясь убедить радикалов, желавших ввести демократическую республику, что для столь революционных преобразований еще не настало время.
Его собственная программа подразумевала установление конституционной монархии с парламентом, выражающим интересы средних слоев, и церковью, проявляющей терпимость к другим вероисповеданиям. Однако Кромвель строил планы, не принимая в расчет короля, который воспользовался разногласиями противников и бежал из плена на остров Уайт, откуда призвал роялистов в Англии и Шотландии к новой гражданской войне, разгоревшейся в начале 1648.