Ирландская и шотландская кампании. мая 1649 Англия была провозглашена Республикой Commonwealth. Кромвель стал членом Государственного совета, а затем его председателем. Тем временем роялисты установили контроль над большей частью Ирландии, которую они надеялись использовать как базу для вторжения в Англию.
Кромвеля убедили принять командование экспедиционной армией, которая высадилась в Дублине 15 августа 1649, а затем направился на север и осадил Дроэду. 10 11 сентября англичане взяли город штурмом и перебили почти весь капитулировавший гарнизон. Позднее Кромвель писал, что это массовое убийство было справедливым Божьим судом над жалкими варварами. Резня в Дроэде побудила некоторые другие гарнизоны сдаться.
В октябре было сломлено сопротивление гарнизона Уэксфорда, после чего массовая экзекуция прошла и здесь. К концу года Кромвель контролировал значительную часть восточного побережья Ирландии, а в начале 1650 повел армию в глубь острова, разоряя страну и истребляя население без различия возраста и пола. К тому моменту, когда Кромвеля отозвали в Лондон, большая часть Ирландии была опустошена. Начиная с 1651 все земельные владения ирландцев были конфискованы, им оставили лишь бесплодную и неосвоенную область Коннахт, куда и сгоняли основную часть населения, обрекая его на смерть от голода и эпидемий. Неприятности Республике сулила и Шотландия, где пресвитериане пришли к соглашению с Карлом II, старшим сыном Карла I, и провозгласили его королем.
Не желая вторгаться в Шотландию, генерал Ферфакс подал в отставку, и 25 июня 1650 пост главнокомандующего было предложено занять Кромвелю. Английская армия пересекла шотландскую границу 22 июля 1650, но поначалу не смогла добиться сколько-нибудь заметного успеха, поскольку противник избрал оборонительную тактику. Как и во время ирландской кампании, сухопутные войска поддерживал флот, которому Кромвель придавал большое значение.
Несмотря на то что его армия была отрезана от английских баз, 3 сентября 1650 он одержал крупную победу при Данбаре к востоку от Эдинбурга. Зимой Кромвель тяжело заболел, и армия стояла без движения до лета, когда он с помощью удачных маневров перехитрил шотландцев. Последние предпочли не ставить под угрозу свои коммуникационные линии, а последовали за юным Карлом II в Англию, и здесь при Вустере 3 сентября 1651 Кромвель их окружил и разбил.
Когда он вернулся в Лондон, его встречали как героя.