Лорд-протектор проблемы и достижения. Оставшиеся пять лет жизни Кромвель управлял страной в качестве лорда-протектора, иногда прибегая к помощи парламента, иногда обходясь без него. Но, подобно королям прежних времен, он неизменно зависел от консультаций и поддержки Государственного совета позднее названного Тайным советом. Первая сессия парламента протектората 3 сентября 1654 22 января 1655 была озабочена скорее пересмотром конституции, чем разработкой и принятием новых законов.
Разногласия между лордом-протектором и парламентом оживили надежды роялистов на успех. 22 января 1655 Кромвель распустил парламент, а в марте 1655 вспыхнуло роялистское восстание. И хотя оно было немедленно подавлено, лорд-протектор счел необходимым разделить страну на 10 округов, во главе которых поставил генерал-майоров.
Тем временем Англия оказалась вовлеченной в новую войну, на этот раз с Испанией октябрь 1655, и Кромвель был вынужден созвать новый парламент, чтобы утвердить военные расходы. 17 сентября 1656 прошло первое заседание второго парламента протектората, где Кромвель вновь столкнулся с серьезной оппозицией, особенно со стороны ярых республиканцев, возражавших против самой идеи протектората. В результате парламент был подвергнут чистке, из него были удалены 160 членов, многие из которых отказались присягнуть на верность режиму.
Те, кто остался, в основном сотрудничали с Кромвелем и Государственным советом, хотя и выступали против системы местного управления с помощью генерал-майоров. Тогда же группа правоведов и гражданских лидеров предложила заменить военную диктатуру конституционной монархией королем должен был стать Кромвель и создать государственную пуританскую церковь. Кромвель вынужден был отказаться от предложения, поскольку эта идея встретила неприятие его старых армейских друзей и соратников.
Тем не менее была принята новая конституция, по которой восстанавливалась палата лордов в палату общин допускались все, кроме явных роялистов место Государственного совета занял Тайный совет кроме того, вводились некоторые ограничения власти лорда- протектора и свободы совести. Новая конституция, известная под названием Покорнейшая петиция и совет вступила в силу в июне 1657 принята 25 мая 1657. Была сформирована верхняя палата, однако в палату общин вошли теперь ранее исключенные члены парламента, и в то же время ее покинули друзья Кромвеля, назначенные им членами палаты лордов.
Поэтому уже в июне 1658 палата общин превратилась в арену нападок на лорда-протектора со стороны республиканцев, выступавших за отмену новой конституции. На этот раз Кромвель не сумел сдержать гнева и, убежденный, что за новым конфликтом последует вторжение роялистов, 4 февраля 1658 распустил парламент.
Последние несколько месяцев жизни Кромвель правил без парламента. Война против Испании, которая велась в союзе с Францией, была выиграна фактически за счет побед на море. В декабре 1654 в Вест-Индию была послана военная экспедиция, в мае 1655 она овладела Ямайкой. Кромвель сделал все для того, чтобы превратить остров в процветающую колонию. Это был единственный существенный итог его проекта заморской протестантской империи. Впрочем, в 1658 он получил от французов порт Дюнкерк в благодарность за поддержку Франции против Испании.
После заключения мирного договора с Голландией в 1654 начала развиваться внешняя торговля. Кромвель боролся с фанатичными пуританами за подлинную свободу христианских вероисповеданий, которая бы позволяла членам епископальной и Римско-католической церкви проводить богослужение в частных домах. Он позволил поселиться в Англии евреям, изгнанным еще Эдуардом I, назначил достойных судей и призвал своих советников-юристов к реформе законодательства и более дешевой судебной системе.
Кромвель содействовал развитию образования, некоторое время был канцлером номинальным главой Оксфордского университета и помог основать колледж в Дареме. Однако мир в стране покоился лишь на авторитете и мощи его личности, а также на поддержке армии Кромвель должен был бороться как с заговорщиками-республиканцами, так и с непримиримыми роялистами и внешними врагами. Он скончался от малярии в Лондоне 3 сентября 1658. Перед смертью Кромвель назвал преемником своего сына Ричарда.
В 1661, после Реставрации, роялисты извлекли набальзамированное тело Кромвеля из Вестминстерского аббатства и повесили его на виселице для уголовников в Тайберне, а затем сожгли и смешали с прахом, голову же воткнули на кол в Вестминстере, где она оставалась до конца правления Карла II. Но уничтожить то, чего добился этот человек, они были не в силах.