Воцарение Бориса Годунова. За все время царствования Годунов сокрушил и избавился от многих политических противников и сумел окружить себя верными людьми. К концу царствования Федора и в Боярской Думе, и в Государевом дворе были сторонники Бориса, обязанные ему своим выдвижением и опасавшиеся перемен.
Тем не менее со смертью Федора ситуация а Думе изменилась сильно возросло влияние противников Бориса, группировавшихся на этот раз вокруг Романовых. Поэтому Годунов вопреки воле Федора не хотел пострижения вдовствующей царицы Ирины и надеялся временно закрепить за ней трон, с тем, чтобы потом получить его из ее рук. Возведению Бориса на трон всячески способствовал его преданный слуга патриарх Иов, всецело обязанный правителю своим избранием на патриарший престол. 1 сентября 1598г в Новодевичий монастырь, где в то время вместе со своей сестрой, все же ушедшей в монастырь 15 января 1598г, находился Борис Годунов, отправилась депутация во главе с Иовом. После торжественного моления Борис милостиво согласился венчаться на царство по древнему обычаю.
Через 2 дня в Успенском соборе Кремля состоялась коронация Годунова.
По этому обычаю многих представителей феодальной знати царь пожаловал новыми думными чинами. Не обошел вниманием и своих противников боярство было сказано Александру Никитичу Романову, окольничими стали Михаил Никитич Романов и Богдан Яковлевич Бельский. Выдано было тройное жалование боярам, дворянам, дьякам. Годунов торжественно объявил об амнистии и отмене смертной казни на 5 лет. Патриарха Иова Борис отблагодарил особо.
В 1599 ему была дана жалованная грамота, по которой монастыри с крестьянами и все слуги первосвятителя освобождались от их суда кроме дел о душегубстве и подлежали теперь только патриаршему суду. Итак, Борису Годунову удалось преодолеть преграды на пути в высшей власти, не прибегая к насилию, без кровопролития сломить сопротивление бояр. Он был умным политическим деятелем и стремился к стабилизации своей власти путем консолидации всего правящего класса. Правление Бориса Годунова Бориса не покидал страх перед тайными кознями бояр. Подозревая их в двуличии и стремясь узнать о злых умыслах недругов, он стал подстрекать холопов к доносам на своих господ.
Так родилась система слежки и доносов доносили друг на друга именитые, священники, жены на мужей, дети на отцов, причем в большинстве своем доносы были ложными. При коронации Борис дал обет править милостиво, и первые 2 года его правления были спокойными. Но уже в 1600г разразился первый политический кризис, жертвой которого стал родственник нового царя Богдан Бельский, решивший самостоятельно править в основанном им городе недалеко от Азова, Цареве-Борисове.
Бельский был схвачен и подвергнут особому наказанию его выставили к позорному столбу и волос за волосом выщипали всю бороду, затем он был лишен думного чина и отправлен в ссылку в Нижний Новгород. Потом начались преследования семьи Романовых, обвиненных в покушении на царскую семью. Опальным братьям грозила смертная казнь, но Борис от публичной казни воздержался.
Федора Никитича Романова под именем Филарета постригли в монахи и отправили в ссылку в отдаленный Антониево-Сийский монастырь. Младших братьев также отправили в ссылку. Трое из них Александр, Михаил и Василий вскоре умерли в изгнании. Особенно жестоко он расправился с семьей крупнейших и родовитейших бояр Шуйских, имевших большой авторитет в стране за полководческие заслуги Петра Ивановича Шуйского и его сына Ивана Петровича. Однако такая тактика Бориса была обусловлена и его болезнью, бывшей одной из причин, побудивших его устранить с политической арены Бельского и Романовых.
Первый добивался популярности у армии, а у других болезнь царя возрождала надежды на обладание престолом. Малолетний сын Бориса, Федор, не смог бы удержать трон после смерти отца, поэтому для Годунова очень важно было избавиться от опасных претендентов вовремя. Правительство Годунова стремилось к поддержанию мирных отношений с соседями и сумело добиться не только некоторой мирной передышки, но и подальше отодвинуть восточные границы страны.
Борис поддерживал добрососедские отношения с Крымским ханом и османским султаном, сумел урегулировать спорные вопросы с польским королем. В 1601г Россия подписала 20-летние перемирие с Речью Посполитой. Годунов поощрял экономические, культурные и торговые отношения со странами Западной Европы. Для торговли с ганзейским городом Любеком он попытался наладить морское сообщение через Ивангород, но эта попытка была неудачной, так как шведы блокировали Ивангород с моря, ссылаясь на условия Тявзинского договора.
Для укрепления международных позиций своей семьи Борис сделал попытку породниться с датским королем. В 1602г в Москву прибыл брат короля герцог Ганс в качестве жениха царевны Ксении. Но планам царя не суждено было осуществиться после месяца пребывания в Москве Ганс заболел неизвестной медикам желудочной болезнью и умер. Борис Годунов был первым русским правителем, решившимся отправить дворянских ребят за границу для науки разных языков и обучения грамоте.
При нем успешно развивалось книгопечатание. Борис хотел также создать в России школы, и даже университет по европейскому образцу. В 1600 в Германию им был послан немец Иоанн Крамер, которому было поручено подобрать и привести в Москву профессоров и докторов. К сожалению, эти его планы не были претворены в жизнь из-за сильного ортодоксального противодействия духовенства, полагавшего неразумным поручение католикам и лютеранам обучать юношей.
Также большое внимание царь уделял благоустройству столицы. При нем в Кремле был построен водопровод с мощным насосом. Вода теперь великой мудростью поднималась по подземелью на Конюшенный двор. Возле Архангельского собора были построены обширные палаты для приказных военных ведомств, а в Китай-городе на месте сгоревших торговых рядов возникли каменные лавки. Старый обветшалый мост через Неглинную был заменен широким мостом, по краям которого были выстроены торговые помещения.
На Красной площади было сооружено каменное Лобное место. Также Борис приказал надстроить столп колокольни Ивана Великого, и сам заложил крепость в Смоленске. В ее сооружении принимали участие все города Московского государства. Увенчанная 38 башнями, эта крепость стала мощным оборонительным форпостом на западе страны.