Бунтующая Шотландия. Игнорируя глубокие противоречия в стране, король вместе с Лодом намеревается ввести в Шотландии англиканскую церковь и англиканский молитвенник - Prayer Book. Шотландцы поднимают восстание в защиту своей веры и провозглашают Священный пакт. В 1639 году король вынужден смириться с ним. Чтобы вновь собрать армию и покрыть военные расходы, Карл I созывает парламент, от которого желает получить финансовый заем. Собрав парламент в апреле 1640 года и добившись своего, он распускает его в мае. Этот период входит в историю под названием "короткого парламента". Но ситуация складывается в пользу растущей шотландской армии.
Король, как всегда испытывающий нехватку денег, вынужден согласиться с выборами нового парламента, названного "долгим" в связи с продолжением его деятельности вплоть до 1653 года. Новый парламент достаточно враждебно относится к советникам Карла I. Страффорда казнят в 1641 году, а Лода - в 1645 году. Налоговый произвол отменен, чрезвычайные комиссии упразднены, революция разгорается.
Еще больше обостряет ситуацию известие из Ирландии о католическом восстании, в подготовке которого подозревается сам король, провоцируя кровавую бойню в Ольстере в октябре 1641 года, в которой погибают тысячи протестантов. В декабре парламент голосует за важный документ - "Великую ремонстрацию" (протест), где перечисляются злоупотребления короля. 4 января 1642 года Карл I появляется в Палате общин, чтобы арестовать лидеров оппозиции Пима и Гемпдена, но им удается скрыться.
Парламент и Лондон бунтуют. Король покидает столицу, и начинается гражданская война. Гражданские войны в королевстве. Покинув столицу, Карл I присоединяется к своим верноподданным в западных графствах. Королевской армией руководит племянник монарха принц Руперт. Армия состоит из 6000 человек пехоты, 2000 конных всадников и 1500 драгун. Сторонники парламента, называющие себя "круглоголовыми" (поскольку не носят париков), объединились в армию, очень разнородную по социальному составу.
В конфликт вступает лишь малая часть населения, но постепенно обстоятельства вынуждают колеблющихся выйти на поле сражения. Первая гражданская война длится с 1642 по 1647 год. В руках парламентских войск находятся Лондон и самые богатые районы королевства. Король готовит наступление с севера.
Соотношение сил неопределенное. С приходом в 1645 году Оливера Кромвеля, возглавившего парламентскую армию, ситуация складывается в пользу войск парламента. Этот представитель пуритан успел набрать народное ополчение из людей набожных и храбрых, называющих себя "железнобокими". Кромвель проводит реорганизацию парламентской армии, основанную на военной стратегии шведского короля Густава II Адольфа, лучшего в Тридцатилетней войне протестантского военачальника. 14 июня 1645 года во время столкновения у Нэзби, непоколебимая стойкость войск Кромвеля с одной стороны и невероятное легкомыслие Руперта с другой приводят к поражению Карла I. В 1646 году он бежит в Шотландию, где отказывается принять Священный пакт шотландцев, и поэтому парламент Эдинбурга выдает его лондонскому парламенту.
Запутанная ситуация. Даже в тюрьме Карл I продолжает готовить вторую гражданскую войну. Он надеялся повлиять на войска победителя, тем более что парламент был готов вернуть Карла I на трон, значительно урезав королевские полномочия.
Кроме того, члены парламента перестали доверять собственной армии. В феврале 1647 года депутаты пытаются распустить ее, потому что они не приветствуют растущую популярность индепендентов, то есть протестантов, ратующих за терпимость ко всем религиозным течениям, порожденным Реформацией. Армия отказывается выполнить приказ. В ноябре 1647 года Карл I обретает поддержку Шотландии. Начинается вторая гражданская война. Длится она недолго.
Кромвель разбивает "кавалеров" и вступает в Эдинбург в сентябре 1648 года. 8 декабря того же года войска Кромвеля занимают Лондон и проводят чистку парламента: 47 членов арестованы, 96 исключены.