Во времена Уоллеса и Дарвина еще не было четких представлений о механизмах наследования. Поэтому одним из самых коварных возражений против теории естественного отбора был, так называемый, парадокс Джинкина, согласно которому возникший новый признак будет быстро разбавляться в последующих поколениях этого организма. Это, как подробно доказывает Тимирязев (1939), не опровергает теорию естественного отбора, но сильно осложняет ее приложение к расчетам реальных скоростей эволюции.
Последующее развитие науки привело к установлению дискретности наследственных факторов - генов, их малой изменяемости, насыщенности природных популяций различными мутациями и т.д. Это послужило основой для возникновения синтетической теории эволюции, в которой произошло объединение теории естественного отбора с генетическими данными и ликвидация трудностей, связанных с парадоксом Джинкинса. Синтетическая теория эволюции помимо указанных положений, включает в себя очень важное утверждение, согласно которому объектом эволюционного изменения является популяция, а не организм, как считали раньше, а также описание различных способов и условий действия естественного отбора, т.е. конкретных механизмов микроэволюционного процесса. Они могут быть самыми разнообразными. Это разнообразие, естественно, до конца не выявлено и по мере развития биологии могут быть обнаружены новые специфические механизмы микроэволюционных изменений тех или иных групп животных. В синтетической теории эволюции выделяют следующие механизмы подобного рода (Симпсон, 1948; Маур, 1968, 1974;
Тимофеев-Ресовский и др., 1969; Шмальгаузен, 1969; Медников, 1973; Левонтин, 1978; Воронцов, 1980, 1984; Грант, 1980, 1991; Северцов, 1987; Яблоков, Юсуфов, 1998):
1) географическая изоляция части популяции, что приводит к несколько различным условиям действия естественного отбора в разных частях популяции и постепенного преобразования организмов изолированной части популяции в новый вид;
2) репродуктивная изоляция, т.е. невозможность или ограничение возможности скрещивания некоторых групп особей данного вида между собой, например, вследствие различия в размерах, разного времени полового созревания, размножения в разные сезоны года, несовместимости хромосомных наборов и др.;
3) популяционные волны - внезапное сокращение или увеличение численности популяций в результате изменения экологических условий их существования, что может привести к быстрому обогащению популяции редкими генами.
Возможны, конечно, и другие механизмы образования новых видов, но все они включают в себя на определенном этапе действие естественного отбора.
Одно время в нашей литературе много было разговоров, связанных с попыткой опровергнуть или преуменьшить роль естественного отбора в образовании новых видов, опираясь на понятие "горизонтального переноса" генов (Кордюм, 1982; Корочкин, 1982, 1985; Корочкин, Ивановский, 1983). Очевидно, однако, что если даже такой перенос существует не только у прокариот, но и у эукариот, он не может кардинальным образом изменить наши представления об эволюции организмов: просто это еще один вид изменчивости, который реализуется в эволюции только в результате действия естественного отбора (Воронцов, 1984; Яблоков, 1984; Татаринов, 1987; Северцов, 1990). То же самое относится к теории симбиогенеза, согласно которой некоторые крупные
таксономические подразделения (например, лишайники или даже эукариоты в целом) возникли путем симбиоза различных организмов (Тахтаджан, 1973; Маргелис, 1983; Воронцов, 1984; Schwemmler, 1989).
Таким образом, несмотря на довольно частые критические замечания и сомнения, с микроэволюцией все более или менее ясно.