Термин "мутация" до его введения в генетику был использован в эволюционной теории палеонтологом Ваагеном в 1868 г. для обозначения смены "рядов форм" у ископаемых аммонитов (Ю. А. Филипченко, 1977). В концепции Г. де Фриза 1901–1903 гг. термин "мутация" относился к любому вновь возникшему без участия скрещивания достаточно резкому наследственному изменению и не персонифицировался с каким-либо конкретным материальным носителем. Аналогично, как уже говорилось, В. Иогансен ввел термин "ген" как удобную фикцию для обозначения дискретных менделевских факторов.
Любопытно, что Рихард Гольдшмидт в своих лекциях "Основы учения о наследственности", вышедших в 1911, обсуждая цитологические особенности оплодотворения и редукционного деления, не сомневается что "именно в хромосомах концентрируются наследственные свойства" (Гольдшмидт Р., 1911 г., с. 11). При этом Р. Гольдшмидт подробно обсуждает сходство в поведении менделевских факторов (термин "ген" он только упоминает единожды) и хромосом. Но он считал в то время, что гипотеза отождествления менделевских факторов с хромосомами "терпит крушение в одном единственном пункте — именно в численности хромосом" (там же, с. 356). Менделирующих факторов много, а хромосом мало, и если допустить, что каждая хромосома содержит много факторов, то тогда они должны всегда наследоваться совместно, сцепленно, а этого не наблюдается. Стало быть скептик, — пишет Гольдшмидт, — будет прав, отказываясь непосредственно отождествлять хромосомы с менделевскими факторами.
Историк науки должен отметить, что чувство интеллектуальной красоты не обмануло зоолога и эмбриолога Р. Гольдшмидта: "Но кто имел возможность лично познакомиться с процессом созревания половых клеток и при этом наблюдал то чрезвычайное единообразие в самых малейших проявлениях, которое красной нитью проходит через весь органический мир, тот не мог, конечно, не признать, что за этими реальными явлениями должен скрываться некоторый внутренний смысл, и что должны существовать тесные отношения между внешними, видимыми под микроскопом процессами и экспериментально найденными биологическими явлениями " (Гольдшмидт, 1911, с. 356).
Трудность была преодолена открытием линейного расположения генов в хромосоме и регулярно происходящего перекреста хромосом (кроссинговера), приводящего к нарушению жесткого сцепления признаков. Открытие явления перекреста в школе Т. Моргана дало возможность устранить парадокс небольшого числа хромосом и множества комбинирующихся в потомстве признаков. Материализация гена в исследовательской программе Т. Моргана увенчалась успехом, венцом которого явилось учение о локализации генов в хромосомах. К 20-м годам выяснилось, что "мутация" де Фриза далеко не соответствует мутации Т. Моргана. Поэтому С. С. Четвериков в своей классической статье предпочел пользоваться термином "геновариация", понимая под этим наследственные изменения генотипа, затрагивающие структуру гена, его положение в хромосоме, а также изменения в самом хромосомном комплексе. Однако, термин "геновариация" не привился. В силу психологической инерции исследователи, привыкнув к одному термину, используют его до тех пор, пока амбивалентность не становится сначала очевидной и затем вопиющей.
На амбивалентность термина "мутация" ясно указывает в 1944 г. такой авторитет в области эволюции, как Дж. Симпсон. "Наиболее спорный в настоящее время эволюционный вопрос, как в генетике, так и в палеонтологии, это, вероятно, вопрос о природе мутаций вообще и о природе некоторых мутаций, играющих роль в том или ином эволюционном процессе, в частности" (Симпсон, 1948, с. 87). Подобная предосторожность — удел немногих.
Триумф хромосомной теории наследственности оставил в тени амбивалентность термина. Общепринятым стало более узкое (по существу предложенное С. С. Четвериковым) понимание термина "мутация" как синонима дискретных наследственных изменений. Мутации стали классифицировать как генные, хромосомные и геномные. Казалось, тем самым охвачена вся сфера наследственной изменчивости. Доминирующим стало представление, что вся наследственная изменчивость, возникающая вне скрещиваний, сводится к мутациям, к тому, что происходит с генами хромосом.
Произошло обычное в истории науки смещение: выигрыш в точности оказался связан с определенной утратой правильности, полноты картины. Сведение всей наследственной изменчивости к моргановским мутациям несомненно вело к точности, давало возможность учесть их частоту, концентрацию в популяциях. Возникла иллюзия полноты описания всей картины наследственной изменчивости в рамках традиционных моргановских представлений.