Решительный прорыв в исследовании нестабильности был сделан в исследованиях ученицы Р. Эмерсона Барбары МакКлинток (1902–1992). Она высказала гипотезу о существовании особого класса генетических элементов, способных перемещаться по геному, внедряться в разные локусы, вырезаться оттуда и таким образом регулировать темп мутирования гена и его мутационное состояние. По существу, все основные свойства мобильных элементов, найденные спустя 25 лет у разных видов и исследованные на уровне ДНК, были уже установлены Б. МакКлинток. Особенность ее работы состояла в слиянии генетического и цитогенетического подходов, позволившем непосредственно видеть в микроскопе то, что предсказывалось на основе данных генетического анализа.
В одной из линий кукурузы в мейозе Б. МакКлинток наблюдала регулярные разрывы и воссоединения хромосом в области короткого плеча хромосомы 9. На дистальном конце этой хромосомы был расположен узелок гетерохроматина, недалеко от него по направлению к центромере локализовались рецесссивные мутации генов. Обычно разрыв хромосомы происходил в определенном месте, обозначенном как Ds (Ds, Dissociation — разрыв), между геном Ds и центромерой. Однако, Б. МакКлинток обнаружила в некоторых линиях перемещение точки разрыва, и в этом же месте возникали нестабильные мутации.
Когда из нестабильного гена фактор Ds перемещался в другой район, ген снова становился относительно стабильным. Частота разрывов, вызванных фактором Ds, резко возрастала под влиянием доминантного фактора Ас (Активатор). Таким образом, в системе Ac–Ds фактор Ds является контролирующим, а Ас — регуляторным элементом. Контролирующий элемент Ds, если суммировать полученные Б. МакКлинток данные, имел следующие свойства: а) контроль активности гена-хозяина, так что при внедрении Ds ген может либо частично, либо полностью инактивироваться; б) способность к транспозициям; в) способность вызывать разрывы в сайтах внедрения; г) способность менять свое состояние. Однако все эти свойства проявлялись лишь в присутствии Aс.
В начале 80-х годов началась эра молекулярных исследований на растениях, и вывод Б. МакКлинток блестяще подтвердился. Действительно, нестабильные мутации, вызванные факторами Ds–Ac, содержали вставку. Полноразмерный мобильный Ac-элемент имел длину около 4.5 тыс. п. н., a Ds оказался дефектным вариантом Ас, который сам по себе неспособен перемещаться, но активируется в присутствии Ас, содержащего транспозазу — фермент транспозиции.
Две основный новые идеи в генетике связаны с работами Б МакКлинток: 1) мутантное событие, приуроченное к определенному локусу или гену, может быть связано не с изменением самого гена, а с неким контролирующим элементом; 2) этот контролирующий элемент является мобильным, он способен встраиваться в разные локусы, причем этот мобильный контролирующий элемент не один, а есть группа независимых элементов.
Хотя сообщение о первой серии исследований Б. МакКлинток было напечатано в трудах Американской академии наук (McClintock, 1950), а затем в более подробном виде представлено на одном их самых авторитетных форумов генетиков в Колд Спринг Харборе (McClintock, 1951), ее выводы казались ересью, чем-то неправдоподобным. Согласно теории Т. Моргана, гены должны иметь строгую прописку и существование целого класса мобильных элементов нарушало все каноны. Генетики воспринимали это примерно так же, как если бы в 1951 г. в период господства сталинизма жители Советского Союза узнали, что прописка, мнение парткома и КГБ необязательны, и можно свободно переезжать из одного города в другой и за пределы "железного" занавеса. По словам одного из членов Нобелевского комитета, в 1951 г. "оценить эту гипотезу могли не более пяти генетиков во всем мире", а сама Б. МакКлинток призналась, что "меня считали сумасшедшей" (Уоллис К., 1984).