На фоне стремительно ухудшающегося положения в экономике и социальной сфере обострились отношения между исполнительной и законодательной властью. Еще на I Съезде народных депутатов РСФСР в июне 1990 г. было принято решение о разработке новой российской Конституции. Проект, предложенный президентской командой, предусматривал наличие «сильной» президентской республики, в которой права парламента были бы сильно урезаны. Представители Верховного Совета, наоборот, настаивали на «сильном» парламенте, при котором должность президента наделена ограниченными полномочиями. В стране сложилось своеобразное двоевластие: в оппозиции к Ельцину выступили председатель Верховного Совета Хасбулатов и вице-президент Руцкой. Противостояние вокруг Основного Закона зашло в тупик: ни Президент, ни Верховный Совет не соглашались на компромисс.
В обострившейся обстановке двоевластия Ельцин 21 сентября 1993 г. объявил о роспуске Съезда народных депутатов и Верховного Совета. Одновременно на 12 декабря 1993 г, были назначены выборы в Федеральное Собрание, состоявшее из двух палат: Совет Федерации и Государственная Дума. Верховный Совет не признал указ Ельцина и принял постановление о прекращении полномочий Президента, исполняющим обязанности главы государства был объявлен вице-президент Руцкой.
Конфликт становился все более острым. Президент окружил здание Верховного Совета войсками и приказал депутатам покинуть его. Депутаты во главе с Хасбулатовым и Руцким решили оборонять Белый дом. 3-4 октября 1993 г. произошли вооруженные столкновения у Белого дома и здания телецентра в Останкино, обе стороны понесли жертвы. Для восстановления порядка Ельцин объявил в столице чрезвычайное положение и ввел войска и бронетехнику. 4 октября по зданию Верховного Совета был открыт огонь, вызвавший сильный пожар и гибель большого числа людей. К концу дня Белый дом был занят войсками, а руководители оппозиции были арестованы.
12 декабря 1993 г. состоялись выборы в Федеральное Собрание и референдум по новой Конституции, которая была одобрена большинством избирателей. Новый Основной Закон ликвидировал советскую систему власти. Полновластие Советов ушло в прошлое.
Главные итоги политической жизни страны в 90-е гг.: 1. Ликвидация всевластия Советов; впервые был положен принцип разделения властей – законодательной, исполнительной, судебной. 2. Оформился парламентаризм; Государственная дума стала одним из важнейших элементов новой политической системы; 3. Многопартийность; 4. Государственные и местные органы власти впервые избирались путем всеобщего, равного, прямого и тайного голосования; 5. Впервые вопрос о том, кому быть главой Российского государства, решали избиратели.