В Восточной Пруссии войска 3-го Белорусского фронта вели напряженные бои за ликвидацию 4-й немецкой армии, сосредоточенной к югу и юго-западу от Кенигсберга. В ходе боев 18 февраля погиб генерал Черняховский. Вместо него командующим фронтом был назначен маршал Василевский. К концу марта немецкая группировка была ликвидирована, а ее остатки оттеснены в прибрежные плавни.
6 апреля советские войска приступили к штурму Кенигсберга. Город был буквально нашпигован железобетонными и маленькими каменными "крепостями", которые группировались вокруг трех оборонительных рубежей. Внешний обвод тянулся на расстоянии 6—8 км от города, следующий проходил по городской окраине, а третий опоясывал центр Кенигсберга. В городе имелись подземные заводы и убежища, склады с большим запасом продовольствия и военного снаряжения. В первый день штурма четырем советским армиям удалось закрепиться лишь на подступах к Кенигсбергу. Положение изменилось, когда на следующий день установилась летная погода. Массированные удары авиации во многом решили исход сражения. Четыре корпуса тяжелых бомбардировшиков бросали бомбы по наиболее важным фортам и опорным пунктам крепости. Штурмовики надежно прикрывали наступающие танки и пехоту. Весь город заволокло дымом. Немцы потеряли связь между частями и не могли маневрировать резервами. 8апреля маршал Василевский обратился к гарнизону с предложением сложить оружие. После отказа капитулировать штурм города продолжился. Мощный артиллерийский огонь и удары авиации были сосредоточены по центру города, превратив его в развалины. К исходу 9 апреля Кенигсберг капитулировал. Упорные бои развернулись за порт Пиллау (ныне Балтийск). После его падения остатки немецких армий также бежали на косу Фрише-Нерунг, где к этому времени сконцентрировались тысячи беженцев, около 50 тыс. солдат и офицеров противника.