Единственной сферой союзнических отношений в 1945—1949 гг. оставалось совместное управление Германией, поэтому именно в германском вопросе конфронтация проявилась наиболее остро. Советский Союз придерживался позиции территориальной целостности немецкого государства. Такая позиция была вызвана двумя основными факторами: угрозой реваншистских настроений в западных оккупационных зонах, располагавших богатым в экономическом отношении Рурским бассейном, и желанием получить от правительства единой Германии репарационные платежи в полном объеме. Как вспоминает В.М. Молотов, Сталин был практически уверен в победе немецких коммунистов и не оставлял надежды распространить советское влияние на всю Германию.
В радикально изменившейся международной обстановке политика в германском вопросе стала для Запада главным способом противостояния. С 1 января 1947 г. начался процесс слияния оккупационных зон союзников: в течение 1947 г. было проведено объединение английской и американской зон, а летом 1948 г. к ним была присоединена французская зона. Реформа денежной системы в июне 1948 г. в Западной Германии и включение ее в сферу экономической помощи по "плану Маршалла" заложило экономическую основу раздела территории немецкого государства. Последней отчаянной попыткой давления на бывших союзников была экономическая блокада Западного Берлина (союзнических оккупационных секторов столицы Германии, находившейся целиком в советской зоне). Весной 1949 г. СССР пытался блокировать доставку продовольствия в Западный Берлин, но безуспешно — американцы доставляли все средства жизнеобеспечения населения воздушным путем. Без внимания осталось предложение Сталина снять блокаду Западного Берлина в обмен на отказ от идеи создания западногерманского государства.
23 мая 1949 г. было подписано соглашение между верховными комиссарами западных оккупационных зон о создании Федеративной Республики Германии со столицей в Бонне, принята Конституция и сформированы правительственные органы ФРГ. В качестве ответной меры в октябре 1949 г. в советской оккупационной зоне была создана Германская Демократическая Республика (ГДР).