Победа подняла авторитет армии необычайно высоко. Офицеры и генералы были молоды — почти половина была не старше 45 лет, среди высшего военного командования около 20% составляли беспартийные или недавно вступившие в партию. Личная храбрость, военный талант, ум и воля, безусловно, отличали военную элиту страны-победительницы. Такая ситуация объективно нарушала баланс сил, ослабляла влияние партийно-государственной номенклатуры.
Инструментом восстановления равновесия стали репрессии против руководства Вооруженных Сил. Весной — летом 1946 г. фабрикуется так называемое "дело авиаторов", по которому были арестованы главнокомандующий ВВС маршал А.А.Новиков, маршал С.А.Худяков, главный инженер ВВС А.К.Репин, нарком авиационной промышленности А.И.Шахурин, а также ряд других высших должностных лиц.
Подвергается преследованиям и дискредитации маршал Г.К.Жуков, с которым многие связывали надежды на перемены к лучшему. Вольно или невольно в сознании людей Жуков мог составить конкуренцию "вождю всех времен и народов", что не могло не вызывать раздражения Сталина. Маршалу были предъявлены обвинения в непомерных амбициях и противопоставлении себя правительству и Верховному Главнокомандованию. В начале июня 1946 г. Жуков был освобожден от всех занимаемых должностей и назначен командующим Одесским военным округом. Но и тут преследования не прекратились — в феврале 1947 г. он был выведен из числа кандидатов в члены ЦК ВКП(б), в Одессу направлена комиссия ЦК, которая предоставила ему "последнюю возможность исправиться и стать честным членом партии". Жуков понимал, что такие меры обычно предшествуют аресту, с ним случился инфаркт. Однако внезапно в конце 1948 г. интерес к Жукову наверху ослабевает, его направляют командовать Уральским военным округом и как будто "забывают" о нем. Такое развитие событий пока не нашло аргументированного объяснения в исторической литературе. Одни историки выдвигают предположение, что Сталин был удовлетворен дискредитацией маршала, другие объясняют перемену в отношении к Жукову обострением ситуации в Корее. Но, видимо, надо принимать во внимание весь комплекс факторов, главным из которых была борьба за власть в ближайшем окружении вождя, представлявшая для Сталина на рубеже 1940—1950-х годов гораздо большую опасность, чем опальный маршал на Урале.