Судебная система состояла из трех частей: государственный, церковный и местный (вотчинный) суд. Суд не был отделен от администрации. Судебные функции выполняли органы управления.
Государственный суд осуществляли: великий князь, боярская дума, путные бояре. На местах правосудия вершили вначале наместники и волостели, а с середины ХVI в. – губные избы. В XV веке функции центральных и местных судов разделились. Центральные суды стали рассматривать жалобы на приговоры местных судов. Церковный и вотчинный суды действовали по особым правилам. В них сохранялись прежние порядки.
Церковный суд осуществлялся через епископов, который назначался митрополитом или государем. Во главе монастырских судов стояли игумены. Церковному суду были подсудны церковные крестьяне, монахи и белое духовенство, а также семейные споры. Судебное законодательство опиралось на нормы церковного права, изложенные в Номоканоне, Кормчей книге и Правосудье митрополичья.