Для получения субклеточных и субвирионных вакцин из бактерий и вирусов извлекают протективные АГ, являющиеся белковыми комплексами. Выделение из бактерий и вирусов протективных антигеных комплексов осуществляют различными физико- химическими методами: осаждением спиртами, высаливанием нейтральными солями, хроматографическими способами, ультрацентрифугированием. В связи с этим субклеточные вакцины раньше называли химическими.
В молекулярных вакцинах АГ находится в молекулярной форме. Антиген в молекулярном виде получают :
а. в процессе биосинтеза при выращивании природных, а также рекомбинированных штаммов бактерий и вирусов.
б. химическим синтезом .
Типичным примером молекулярных АГ, образуемых биосинтезом природными штаммами, являются анатоксины (столбнячный, дифтерийный, ботулинистический), получаемые из обезвреженных токсинов.