В даний час скануючий зондові мікроскопи знайшли застосування практично у всіх галузях науки. У фізиці, хімії, біології використовують як інструмент дослідження АСМ. Зокрема, такі міждисциплінарні науки, як біофізика, матеріалознавство, біохімія, фармацевтика, нанотехнології, фізика і хімія поверхні,електрохімія, дослідження корозії, електроніка (наприклад, МЕМС), фотохімія та багато інших. Перспективним напрямком вважається суміщення скануючих зондових мікроскопів з іншими традиційними та сучасними методами дослідженнями, а також створення принципово нових приладів. Наприклад, поєднання СЗМ з оптичними мікроскопами (традиційними і конфокальної мікроскопії) [13] [14] [15], електронними мікроскопами [16], спектрометрами (наприклад, спектрометрами комбінаційного (раманівського) розсіювання і флюоресцентними) [17] [18] [19], ультрамікротомамі [20].