Модернизация страны, проводимая правительством, расколола общество на сторонников реформ и консерваторов. Наиболее ярко национально-консервативное течение проявило себя в церковном старообрядческом расколе.
1653–1655 годах патриарх Никон провел церковную реформу. Ее суть состояла в исправлении по греческим оригиналам богослужебных книг и изменении некоторых обрядов. Необходимость таких исправлений была очевидна: при многократном переписывании в книгах накопились значительные ошибки. В ходе реформы старые книги изымались и заменялись на печатные книги. Кроме того, в народе сложилось значительное обрядоверие (считалось, что церковное таинство недействительно, если не совершены ритуальные действия). Книги для реформы привозились из католической Венеции и оккупированной турками Греции. Следует помнить, что Россия воспринималась народом как единственная страна, хранительница православия (католицизм воспринимался как ересь, а Греция за свои грехи была порабощена иноверцами мусульманами). Таким образом реформы Никона были восприняты частью народа как отход истинной веры. Движение старообрядцев возглавил протопоп Аввакум. Общим лозунгом старообрядцев стал возврат к «старине». Однако противники церковных реформ вкладывали в этот лозунг различное понимание: для крестьян и городских низов это означало снижение налогов и свободу проживания, для аристократии (боярыня Морозова) – восстановление привилегий и возможность влиять на царя, для духовенства – сохранение привычного ритма жизни. Таким образом старообрядческое движение отчасти отразило и социальные требования консервативной части общества. Церковный собор 1666–1667 годов анафематствовал (отлучил от церкви) старообрядцев. Решение собора было поддержано правительством, которое вступило в вооруженную борьбу. Сопротивление реформам проявило себя в активной (Соловецкое восстание 1668–1676 годов) и в пассивной формах (уход старообрядцев в леса и акты самосожжения). Сам патриарх Никон вступил в конфликт с Алексеем Михайловичем и в 1666 году был лишен власти.