В середине XI в. произошло усиление автократического правления императорской фамилии. Интересной особенностью этого периода был рост влияния в светских делах экс-императоров, принимавших монашество. Видимо, они были более свободны в своих действиях, чем окруженные различными табу императоры; например, они формировали свои военные дружины. Их социальной опорой стали средне- и низкоранговая столичная знать, недовольная монополией Фудзивара на высшие государственные должности, выступающие против бесконтрольного роста сёэн провинциальные губернаторы. Об усилении императорской власти говорит от факт, что эти годы характеризовались сбором в пользу императорского двора временных унифицированных налогов с государственных и частных земель для ремонта и строительства императорских дворцов и храмов, введение единых мер веса и цен (1072).
Император Госандзё в 1069 г. издал указ и ликвидации всех сёэн, возникших после 1045 г. В отличие от предыдущих подобных указов этот сопровождался реальными мерами, т. е. конфискациями сёэнов у храмов и частных владельцев. Многие императоры этого времени держались только на лавировании между отдельными враждующими родами.
Весьма интересную политику проводил ставший в 1129 г. экс-императором-монахом Тоба. Он отошел от политики предшественников: отказался от борьбы с Фудзивара, но самое интересное, он стал не бороться с приобретением сёэн, а признавать новые сёэн. Причиной последнего стало стремление сосредоточить как можно больше сёэн в своих руках, что ему и удалось. Экс-император стал крупнейшим землевладельцем, контролируя 500-600 сёэн (дом Фудзивара их имел ок.400).
Однако такая политика принесла выгоды не только императору, но и привела к бурному росту частных вотчин-сёэн – именно в это время они составили половину обрабатываемых площадей. Это укрепило независимую экономическую базу феодальных домов и открыло путь к дальнейшей децентрализации власти. Кстати, со второй половины XI-XII вв. основной социальной единицей господствующего класса стал «дом», в котором главную роль стали играть не кровные связи, а брачные и имущественные. «Дома» базировались на частной собственности, на землю, и имущество, их наследовали по мужской линии, усилилась роль распоряжающегося имуществом главы семьи. Однако в семьях местных феодалов и крестьян наследование исключительно по мужской линии еще не укрепилось.
После смерти Тоба начались смуты и борьба за власть между домами Тайра, Фудзивара и Минамото. В 1278-1279 гг. Тайра вышли временными победителями в этой войне и не меняя государственной структуры, попытались монополизировать все государственные посты в стране, а также стали издавать различные регламентирующие жизнь страны законы. Это восстановило против Тайра всю аристократию, и война против них началась в 1180 г. под руководством Минамото Ёритомо. В 1185 г. это война завершилась победой Минамото. В ходе войны на востоке страны в селении Камакура, впоследствии выросшем в город, было создано военное правительство бакуфу, состоявшее из:
- самурайского ведомства (1180);
- административного ведомства (1184);
- судебного ведомства (1184).
Дом Минамото пошел значительно дальше по пути создания самостоятельной (по отношению ко двору) публичной власти. В качестве столицы был избран город Камакура. Минамото Ёритомо принял особый титул сёгун (1192) – военный предводитель; создал собственный аппарат управления и контроля: назначал администраторов в вотчины сёэн и государственные земли, назначал также военных губернаторов в провинции. Ёритомо был талантливым политиком, блестящим полководцем, поэтому он впервые смог объединить под своим знаменем разрозненные дружины самурайских кланов. Усмирив одних, подкупив других, он самовластно назначал и снимал государственных чиновников, раздавал ленные владения, выплачивал содержание дружинникам в рисовых пайках и даже контролировал заключение брачных союзов. Таким образом, он проводил автократическую политику. Первых сёгунов окружали низкоранговые аристократы из Киото, а самураи с востока к власти допущены не были.
Власть военного правительства бакуфу ограничивалась только военно-полицейскими функциями, не охватывала всей территории, в стране существовало большое количество мелких и средних феодалов, вотчинников, которые не являлись вассалами сёгуна или объединившихся вокруг него феодалов.
Хотя императорский двор признал существование бакуфу, в первые годы существование часто возникали мятежи могущественных вассалов, нередки были случаи, когда под давлением императорского двора военное правительство отзывало администраторов, превышавших свои полномочия. В XIII в. военное правительство постепенно стало выходить за рамки своих военно-полицейских функций: начало составлять земельные реестры, собирать собственные налоги.
В целом созданное в результате реформ Тайка государственное устройство в Японии, отойдя от классического китайского образца, стало более приспособленным к японским условиям. И одновременно модернизация китайских институтов и разложение общинных и родовых отношений привели к исчезновению первоначальной двойной структуры, общество стало управляться на основе унифицированных принципов.
Период X-XIII вв. характеризовался постепенным усилением военного сословия. К XII в. установилась особая военная власть, хотя до этого времени военные вожди оставались в подчиненном положении у столичной чиновной аристократии, но привлекались ею на службу.
Первые самурайские дружины еще не имели условий для самостоятельного существования, они вступали в отношения зависимости к столичным феодалам, чиновникам провинциальных управлений.
С X в. формируется иерархическая лестница гражданских и военных феодальных собственников. Верхние ступени ее занимали члены императорской фамилии, высшая придворная знать, крупные монастыри и военные дома. За ними шла средняя военная знать, местные (или деревенские феодалы). Особенностью иерархического феодального землевладения было следующее.
Во-первых, гражданские и военные феодальные вассалы получали в качестве ленов не участки земли, а право на часть доходов за выполнение каких-либо обязанностей. Эта ситуация изменилась только в XV в., когда провинциальные феодалы приобрели всеохватывающий контроль над землями, а столичные гражданские феодалы полностью лишились власти.
Во-вторых, особенность заключалась в том, что в рассматриваемый период существовали иерархические отношения собственности, но часто без обязательств военной службы, а лишь на условиях определенных налоговых обязательств.