Комиссия юстиции проводила в жизнь провозглашенные Коммуной демократические принципы организации суда и процесса: выборность, демократизация суда присяжных, равенство всех перед судом, гласность суда, удешевление процесса, свобода защиты и т.д. Судебная система Коммуны конструировалась по мере появления необходимости в новом судебном органе. Суды выбирались.
В итоге судебная система Коммуны сложилась в следующем виде:
1) общегражданские суды: обвинительное жюри по делам версальцев, палата гражданского суда, мировые суды;
2) военные суды: дисциплинарные суды в батальонах, суды в легионах, общеармейский военно-полевой суд.
Декретом Коммуны устанавливалось последующее утверждение исполнительной комиссией смертных приговоров, выносимых судами.
На практике из всех приговоров к смерти комиссия не утвердила ни одного. Все звенья судебной системы возглавил Совет Парижской Коммуны. Он же являлся судом первой инстанции по делам, представлявшим наибольшую важность. По отношению ко всем остальным судам Совет был судом высшей кассационной инстанции. Чтобы искоренить карьеристские устремления. Коммуна установила, что оклады всех должностных лиц в органах власти, управления и суде не должны превышать заработную плату квалифицированных рабочих.