Последствия Пугачевского бунта. Восстание под предводительством Е. И. Пугачева нанесло тяжелый урон общему состоянию губернии, расстроило управление краем, привело к большим людским потерям. Во время бунта многие горные заводы края были сожжены или подверглись большим разрушениям и прекратили работу. Перестало действовать по меньшей мере 92 металлургических завода со всеми обслуживающими их рудниками, лесными угодьями и другими связанными с ними объектами. Наибольший ущерб понесла медеплавильная промышленность. Восстановление заводов шло крайне медленно и болезненно. Основной трудностью, с которой столкнулись промышленники, было отсутствие горнозаводского населения, разбежавшегося во время восстания. Лишь в конце 70-х годов XVIII века южноуральская горнозаводская промышленность стала выходить на уровень 1769—1772 годов. В 1776 году на территории Оренбургского края действовало 35 заводов, а в 1781 году 38 (21 медеплавильный и 17 железоделательных). Налицо было снижение темпов промышленного строительства.
Преобладание сельского населения в крае стало подавляющим и оставалось таким еще долго. По данным V ревизии (1795 г.), городское население составляло в губернии всего 1,01 %, а сельское — 98,99 %. Численность крестьян по той же ревизии составила 375 449 душ мужского пола. Уезды губернии были заселены неравномерно. Слабозаселенными оставались восточная и юго-восточная части. В 1796 году в Мензелинском, Уфимском, Бугульминском и Бирском уездах проживало более 50 % населения региона.
Чтобы не допустить повторения «пугачевщины», правительство предприняло ряд срочных мер. Указом от 15 января 1775 года, чтобы вытравить из сознания народа память о Пугачевском бунте, реку Яик переименовали в Урал, Яицкое казачье войско — в Уральское, а Яицкий городок в Уральск. Запретили упоминать даже имя Пугачева, а его восстание в документах стали деликатно называть «известное народное замешательство».
Стремясь окончательно подчинить казачество своим интересам, превратить его из зачинщика народных выступлений в карательную силу, правительство проводит частичное преобразование казачьих войск. Упраздняется войсковой круг и выборное управление. Выбор атаманов и старшин окончательно переходит к правительству. Яицкое — теперь уже Уральское — войско лишилось права иметь артиллерию (этот запрет действовал вплоть до правления Николая II). Волжских казаков насильно переселяют на Северный Кавказ, а в августе 1775 года упраздняется Запорожское войско. Верхам казачества с целью разрушения внутреннего единства казачьих общин предоставляется право владения крепостными и дворовыми людьми, им даются офицерские чины и дворянство. Правительство пошло на одворянивание и местной инородческой знати. Указом от 22 февраля 1784 года татарским и башкирским князьям и мурзам разрешено было пользоваться «вольностями и преимуществами» российского дворянства, включая и право владения крепостными, но только мусульманского вероисповедания.
В Оренбургском крае увеличивается раздача казенных земель в виде пожалований офицерам, чиновникам, казачьим старшинам, участвовавшим в подавлении бунта. В 1798 году в губернии началось генеральное межевание земель. Оно закрепило за помещиками все земли, в том числе и самовольно захваченные. Поощрялась дворянская колонизация края. За последнюю четверть XVIII века в Оренбуржье образовалось 150 новых дворянских владений.
Административные перемены.Пугачевское восстание показало слабость административного аппарата на местах. Поэтому правительство стало спешно искать новые формы управления империей. В 1775 году была проведена губернская реформа. В её основу положены следующие принципы:
1) отделение административной и судебной власти друг от друга;
2) точное определение сферы компетенции каждого административного органа, правил его деятельности и средств исполнения;
3) увеличение общего числа губерний и количественное равенство жителей, проживавших в каждой из них.
Реализация этих принципов должна была повысить степень управляемости территориями как на губернском, так на общероссийском уровне. Согласно «Учреждению для управления губерний Всероссийской империи», утвержденному Екатериной II 7 ноября 1775 года, Россия делилась на губернии (или наместничества) с числом жителей от 300 до 400 тыс. душ, которые, в свою очередь, разделялись на области или провинции, имевшие в своем составе уезды или округа с числом жителей от 20 до 30 тыс. человек в каждом.
Однако в ходе реализации реформы в первоначальный план были внесены коррективы. В целях усиления надзора за средним звеном государственного управления со стороны центра было решено учредить наместничества, состоявшие из нескольких губерний или областей и подчинявшиеся наместникам (главнокомандующим, генерал-губернаторам). Полномочия каждого из них определялись самой императрицей либо, по ее поручению, правительством. Такая система взаимоотношений центральной и местной власти обеспечивала более надежную и устойчивую связь между верхним и нижним звеньями аппарата государственного управления. В целях реализации этих идей в 1781 году было составлено новое расписание, разделившее Российскую империю на 40 губерний, которые должны были стать основой для 20 наместничеств во главе с наместниками (генерал-губернаторами).
Административная реформа Екатерины II привела к временной утрате Оренбургской губернией своего прежнего губернского статуса. 23 декабря 1781 года императрицей был подписан именной указ «Об учреждении Уфимского наместничества из двух областей Уфимской и Оренбургской и о разделении оных на уезды», а на следующий день Екатерина II утвердила его штаты. Этот указ был адресован оренбургскому губернатору генерал-поручику И. В. Якоби, который возводился в должность уфимского и симбирского генерал-губернатора. Ему предписывалось образовать наместничество из двух областей — Уфимской и Оренбургской, разделив его территорию на 12 уездов. В Оренбургской области планировалось создать 4 уезда: Оренбургский, Бузулукский, Верхнеуральский и Сергиевский. Расположенные в нижнем течении реки Урал города Уральск и Гурьев были переданы в Астраханскую губернию. Указ определял срок открытия наместничества в апреле 1782 года. Столицей наместничества становился не Оренбург, а город Уфа, занимавший на территории нового административного образования более выгодное центральное положение, позволявшее наместнику оперативно связываться с отдаленными уездами.
В результате административной реформы Екатерины II органы управления Оренбургским краем превратились в более централизованную и внутренне организованную структуру. На вершине властной пирамиды находился уфимский и симбирский генерал-губернатор (наместник) в чине генерал-поручика. Генерал-губернатор имел свою канцелярию, состоявшую из двух адъютантов и секретаря, которая вела переписку по всем вопросам, связанным с управлением края. Ему полагался конвой из 24 человек легкой конницы во главе с подпоручиком и свита «для почести» по одному молодому дворянину от каждого уезда. Он осуществлял надзор за работой гражданских администраций в областях и уездах, а также местных судов с правом активного вмешательства в их деятельность, ему подчинялись полицейские органы и воинские формирования, расквартированные на территории наместничества.
В период правления Екатерины II должность уфимского и симбирского генерал-губернатора (наместника) исполняли: генерал-поручики И. В. Якоби (1781—1782), А. И. Апухтин (1782—1784), О. А. Игельстром (1784—1792), А. А. Пеутлинг (1792—1794) и С. К. Вязьмитинов (1794—1796).
Возведение на престол императора Павла I привело к очередной административной реформе, затронувшей непосредственно структуру местного управления на Южном Урале. 12 декабря 1796 года его именным указом «О новом разделении Государства на Губернии» Уфимское наместничество было упразднено, а на его территории была вновь образована Оренбургская губерния, управление которой поручалось военному губернатору. Другим императорским указом, датированным 25 марта 1797 года, административным центром губернии был определен город Оренбург. Однако сосредоточение всех управленческих структур в южной части обширного по территории административного образования, которым была Оренбургская губерния на рубеже XVIII—XIX веков, создавало серьезные трудности в их повседневной деятельности.
Культура Оренбуржья в XVIII веке. Определенное развитие в XVIII веке в Оренбургском крае получает культура, наука и образование. В 1737 году появились первые школы в Самаре, Уфе, Челябинске. В 1748 году в Оренбурге открылась школа для детей ссыльных. Здесь обучали грамоте, письму, арифметике и нотному пению. В 1746—1760 годах в Оренбурге работала школа младших военных инженеров. В 1794 году из Уфы в Оренбург переведено четырехклассное Главное училище.
Изучение природных богатств и народов Оренбуржья началось еще при первом начальнике Оренбургской экспедиции И. К. Кирилове. Существенный вклад в исследование края внес Петр Иванович Рычков (1712—1777). Он был участником экспедиции от начала и до конца её существования. А после основания Оренбурга жил и работал здесь почти до самой смерти. В 1759 году увидела свет первая крупная работа П. И. Рычкова «История Оренбургская…», написанная буквально по следам событий, связанных с основанием города и учреждением губернии. В работе заметно стремление к основательному, по возможности полному и всестороннему описанию событий. Добросовестное изложение материала и критическое отношение к источнику, проявленное П. И. Рычковым, являются важнейшим показателем научности его труда. В 1762 году выходит еще одно фундаментальное сочинение Рычкова, которое навсегда увековечило его имя как крупнейшего русского ученого — «Топография Оренбургская». В нем содержится историко-географическое описание обширных пространств Южного Урала, Приуралья и киргиз-кайсацких степей. Основанная на широком круге исторических, географических, статистических, фольклорных и других источников, она включает богатый фактический материал о хозяйстве, быте, культуре и взаимоотношениях народов, населявших тогда огромную Оренбургскую губернию. «Топографию» Рычкова высоко оценили современники, и вскоре её перевели на иностранные языки. Академик Миллер характеризовал труд оренбургского ученого как образец для подобных топографических описаний. К мнению Миллера присоединился часто не соглашавшийся с ним по другим вопросам М. В. Ломоносов.
В годы восстания Пугачева П. И. Рычков находился в осажденном Оренбурге и вел обстоятельные записи о событиях того времени. Его рукопись, значительная по объему и богатая уникальным фактическим материалом, была использована А. С. Пушкиным в работе над его «Историей Пугачевского бунта» и «Капитанской дочкой». Он называл этот труд «Летописью Рычкова».
С Оренбургским краем связаны эпизоды в биографиях некоторых известных русских литераторов XVIII века. В Оренбурге в детстве жил знаменитый поэт Г. Р. Державин. Уроженцем Оренбургской губернии был писатель и историк Николай Михайлович Карамзин. В Оренбурге жил баснописец И. А. Крылов. С Оренбургским краем тесно связаны жизнь и творчество писателя Сергея Тимофеевича Аксакова.