Яицкое казачье войско. После основания губернии первые русские поселенцы Южного Приуралья — яицкие казаки оказались в ведении Оренбургского губернатора. К тому времени казачий круг давно потерял свое значение. Атаманы уже не выбирались, а назначались правительством. Недовольство новыми порядками в Войске время от времени выливалось в открытые выступления (1738 и 1748 гг.).
В 1748 году была введена постоянная организация (штат) войска. Его разделили на 7 полков, которые, в свою очередь, делились на сотни и десятки. Согласно штату Войско должно было состоять из 3572 человек. Атаманом, при поддержке оренбургского начальства, был назначен А. Бородин, которому присвоили чин подполковника. Его двадцатилетнее правление (1748—1768 гг.) отличалось всяческими злоупотреблениями и вызывало ропот среди казаков.
Яицкие казаки привлекались к воинской службе вне территории Войска и охраняли часть Оренбургской оборонительной линии от Гурьева до устья реки Иртек — правого притока Яика. В их задачу входило предотвращение киргиз-кайсацких набегов на русские земли.
Илецкие казаки. За Иртеком, вплоть до Рассыпной крепости была зона ответственности илецких казаков. Это были жители Илецкого городка и выходцы из него, объединенные в единую войсковую общину. Илецкий городок (ныне с. Илек) был основан в 1737 году казаками украинского происхождения Иваном Никифоровичем Изюмсковым и Андреем Даниловичем Черкасовым. Основу Илецкого войска составили переселенцы из казачьих полков Слободской Украины. Большинство из них — 123 человека — прибыло из Рыбинского полка, 72 человека представляли Изюмский полк, 58 — ранее находилось в составе Сумского полка. Были также выходцы из Харьковского, Ахтырского, Полтавского, Глуховского и некоторых других полков. Всего в Илецкий городок прибыло из Украины 391, вместе с женами и детьми — 684 человека. В 1742 году в городке имелось 387 домов и 27 землянок.
Указом от 19 марта 1746 года илецких казаков включили в состав Яицкого войска на правах отдельной станицы, но вплоть до расказачивания, проведенного в советское время, они, по существу, представляли собой особую казачью общину. Илецкие казаки владели своими собственными землями, лесами и рыбными ловлями. Занимались в основном земледелием и скотоводством. Рыболовство, в отличие от остального Яицкого войска, играло для них второстепенную роль.
В 1748 году И. И. Неплюев определил штат Илецкого войска — 472 человека, обозначил границы земельных владений и обязал казаков охранять свою линию от киргиз-кайсацких набегов. Илецким казакам он повелел построить два форпоста: Кинделинский — на реке Кинделе (правый приток Яика) и Студеновский — на реке Заживной. В них следовало переселить по 20 человек и содержать по одной пушке.
Оренбургское казачье войско. К середине XVIII века складывается Оренбургское казачье войско. Основу его составили 550 городовых казаков и дворян из Уфы, Самары и Алексеевска (пригорода Самары), переведенных в 1743—1744 годах в Оренбург и Бёрдскую слободу. По ходатайству И. И. Неплюева в оренбургские казаки зачислялись также все беглые и вольные переселенцы. В 1748году был образован Оренбургский нерегулярный корпус и назначен первый атаман, которым стал бывший сотник самарских казаков Василий Могутов. В 1753 году штат Оренбургского корпуса состоял из 650 казаков, большинство из которых располагались в Оренбурге (550 человек), остальные — в Бёрдской слободе. В 1755 году был утвержден новый штат — 1094 человека. Из него формировался Оренбургский казачий тысячный полк, состоявший из 10 рот. 21 мая 1756 года оренбургским казакам было пожаловано Большое Войсковое знамя с надписью «Оренбург».
Казаки Оренбургского войска делились на три разряда: жалованные (полностью содержавшиеся за счет казны), маложалованные (получавшие деньги только на воинское снаряжение) и безжалованные, имевшие лишь пашенные, сенокосные и пастбищные угодья. Главной обязанностью оренбургских казаков была сторожевая служба на линии. С весны до осени они участвовали в разъездах, караулах, конвоях и пикетах.
Переселенческое движение.Активное заселение Оренбургского края началось еще с 30-х годов XVIII века. Оно носило целенаправленный и организованный характер. Прежде всего, в край направлялись военные. К 1744 году в губернии разместилось четыре ландмилицких полка: Шешминский, Сергиевский, Алексеевский и Билярский, а также четыре гарнизонных: Пензенский, Уфимский пехотный, Уфимский драгунский и Оренбургский драгунский. Численность их составляла 7689 человек. Одновременно проходила вольная народная колонизация. Переселенцы разными путями попадали в Оренбургскую губернию из коренных русских уездов: Симбирского, Нижегородского, Пензенского, Саратовского, Суздальского, Муромского, Владимирского и других. В 1741 году в крае насчитывалось более 5 тысяч переселенцев. Основную массу среди них составляли крестьяне различного состояния: дворцовые (56,1%), монастырские (11,2%), помещичьи (6,4%). Многие оказались беглыми и подлежали возврату своим хозяевам. Однако, по настоянию И. И. Неплюева, их оставляли на новом месте, причислив к вновь созданному оренбургскому казачеству, а бывшим владельцам зачисляли в счет рекрутов. Были среди переселенцев также купцы и казаки.
В целях развития торговых отношений с киргиз-кайсацкими жузами и Средней Азией в 1744 году под Оренбург были переселены 173 семьи татарских купцов из Казанской губернии. На реке Сакмаре они основали Сеитовскую (Каргалинскую) слободу. Организатором переселения, в честь которого и названа слобода, был Сеит Аитов сын Хаялин, до этого проживавший в деревне Маметевая Пустошь Казанского уезда. Жители слободы зачислялись в купеческое сословие, хотя основная их масса не имела возможности заниматься торговлей.
В это же время началось переселение ясачных татар в район Ново-Московской дороги (Казанского тракта). К 1747 году было образовано 54 новых поселения, среди которых: Бугульминская слобода, деревни Димская, Кандыз, Сарманаева, Юзеева, Мустафина, Биккулова и другие. Всего с 1747 по 1765 год в Оренбургскую губернию прибыло 34 890 переселенцев, из них 18,3 тыс. татар.
После основания Оренбурга и образования губернии правительство стало поощрять распространение в крае помещичьего землевладения. Дворянам разрешалось покупать землю у башкир, им предоставлялись льготы, допускался прямой захват казенных и башкирских владений. Устраивая свои имения, помещики переводили в эти места своих крепостных из центральной России. Свои земли здесь приобрели: П. И. Рычков, основавший в 1740-х годах деревни Ключи и Верхосулье в Бугульминском ведомстве; Р. Державин — отец известного поэта; М. Карамзин — отец автора «Истории государства Российского»; С. Аксаков — дед писателя Сергея Тимофеевича Аксакова; помещики Языков, Пилюгин, Булгаков и другие. Особенно прославился в этом деле капитан Шешинского полка Иван Тимашев, ставший в 1755 году директором Оренбургской пограничной таможни. Он сумел за короткий срок завладеть огромными земельными угодьями. Действуя где обманом, где подкупом, он за небольшую плату купил у башкир участок земли по реке Сакмаре, который охватывал 50 квадратных верст. Здесь в 1754 году он основал деревню Никольское.
Интенсивное освоение края вызвало значительные перемены в численности, национальном и сословном составе губернии. К концу XVIII века население выросло на 480 тысяч человек. Если в начале столетия более двух третей жителей составляли башкиры, а удельный вес русского населения равнялся 15 %, то к началу XIX века доля русских возросла до 37%, а башкир опустилась на 23,5 %.