Водная экосистема – это единый комплекс, образованный живыми организмами и средой их обитания, в котором живой и неживой компоненты связаны обменом веществ и распределением потока энерги. Структурно-функцирнальной частью водной экосистемы является гидробиоценоз. Это биологическая система, включающая популяции разных видов растений, животных, микроорганизмов, которые населяют определенный участок водного объекта (водной толщи или дна), то есть определенный биотоп.
Так как в гидробиоценоз входят популяции организмов разных видов, важной его характеристикой является видовая структура. Видовая структура строится по принципу трофических уровней и по принципу доминирующих видов. Первый принцип основан на том, что гидробионтов разных групп объединяет не только принадлежность к территории, но и трофические взаимоотношения. Автотрофы создают органическое вещество (первичную продукцию), которой питаются организмы других трофических уровней (консументы). Связи разных гидробионтов между собой и с окружающей водной средой определяют целостность гидробиоценоза. В зависимости от количества видов, входящих в состав гидробиоценоза, определяется его сложность и упорядоченность.