В исторической литературе события конца XVI-начала XVII в. принято называть Смутой. Это период глубокого социально-экономического, политического и духовного кризиса русского общества.
После избрания по инициативе патриарха Иова на Земском соборе 1598 г. царем Бориса Годунов ситуация в России несколько улучшилась. Тяжелый хозяйственный кризис конца XVI в. сменился частичной, но очевидной экономической стабилизацией. Успешными оказались внешнеполитические акции царя: в 1590—1593 гг. у Швеции был отвоеван ряд городов на Балтийском побережье. Избрание нового царя было вполне законным, но требовалось определенное время для легитимации его власти среди широких слоев населения.
Однако в 1601—1603 гг. большую часть России поразили неурожаи, вызванные затяжными дождями, и невиданный голод, унесший сотни тысяч жизней. Следствием стал крах экономики и взрыв развивавшихся социальных и политических противоречий. Ответственность за бедствия, обрушившиеся на страну, в массовом сознании возлагалась на царя, и объяснялись они божьим наказанием за его неправедность. Возобновились слухи о виновности Бориса Годунова в смерти младшего сына Ивана Грозного царевича Дмитрия, усилились сомнения в истинности соборного решения об избрании Бориса Годунова царем.
Сомнения в законности новой династии подрывали авторитет царской власти, что привело к новой активизации борьбы за власть между различными аристократическими и дворянскими группировками. Это вызвало усугубление в России кризиса всей системы управления, который развивался в условиях обострения сословной и социальной борьбы. Крепостническое законодательство конца XVI в. не только ухудшило положение крестьянства, но и переориентировало социальный протест с землевладельцев непосредственно на государственную власть. Тяжелый налоговый гнет и административный произвол вызывали недовольство горожан. Укрепление власти Москвы на окраинах России, стремление поставить под контроль действия донского казачества привели к резкому обострению отношений с ними.
Отдельные «разбойные» выступления в конце XVI в. переросли в крупное народное восстание при участии боевых холопов под руководством Хлопка. Оно с трудом было подавлено московскими стрельцами.
В этих условиях появление самозванца, якобы чудом спасшегося царевича Дмитрия (вероятнее всего, беглого монаха Григория Отрепьева, выходца из провинциального дворянского рода), окончательно подорвало и разрушило легитимность новой династии. В России началась «Смута» — схватка за власть между различными слоями общества. Лжедмитрий I, объявившийся в Речи Посполитой в 1603 г., выступил с широкой политической программой, обещая удовлетворить различные, зачастую взаимоисключающие требования всех недовольных политикой царя Бориса. Кроме того, он обещал польскому королю Сигизмунду III передать часть западных русских земель, папе римскому — распространить в России католичество. Тайный переход Лжедмитрия I в католичество обеспечил ему скрытую поддержку со стороны польского короля и части польских магнатов и шляхты.
Появление в начале 1605 г. в русских приграничных районах Лжедмитрия I, основу войска которого составляли донские и запорожские казаки, повлекло переход на его сторону местного населения и сдачу южных крепостей и городов. Здесь Лжедмитрий I стал создавать параллельную систему государственной власти в России.
Войска Бориса Годунова первоначально пребывали в состоянии растерянности, однако вскоре под руководством князя Ф. Милославского разгромили отряды самозванца. Московские воеводы жутким террором стали подавлять измену целых регионов страны. Кровавые репрессии носили подчеркнуто мучительный характер и сочетались с церковными проклятиями. Но это только укрепляло популярность Лжедмитрия I среди крестьян и горожан, желание видеть в нем доброго и справедливого царя, заступника и избавителя.
Смерть Бориса Годунова в 1605 г. привела к признанию самозванца ведущими боярскими родами и переходу на его сторону правительственных войск. Эмиссары Лжедмитрия I в Москве смогли добиться сначала низложения царя Федора Борисовича, а затем его убийства, а также ссылки поддерживающего его патриарха Иова и всей родни бывшего царя.
Летом 1605 г. восторженно встреченный городским людом Лжедмитрий I вступил в Москву. Его позиции еще более укрепились после того, как мать царевича Дмитрия Марфа Нагая признала его своим сыном. Вскоре произошла коронация царя Дмитрия Ивановича в Успенском соборе, восстановившая «законную» династию. Не отказываясь открыто от своих обещаний, Лжедмитрий I фактически не стремился их выполнять. Его попытки консолидировать русское общество и властную элиту путем компромиссов успеха не имели. Наглое и высокомерное поведение польских шляхтичей, особенно во время свадьбы Лжедмитрия I с Мариной Мнишек, дочерью польского магната, вызвало всеобщее возмущение москвичей.
На волне роста антипольских настроений Василию Шуйскому, поддержанному дворянами, удалось осуществить заговор, в ходе которого царь-самозванец был убит. Весной 1606 г. на Красной площади В. Шуйский был «выкрикнут» царем. Юго-запад России отказался признать установление олигархического боярского правления во главе с В. Шуйским. Появились слухи о чудесном спасении «царя Дмитрия», которые расшатывали легитимность власти В. Шуйского. В стране нарастали антиправительственные выступления, которые стали приобретать характер массового народного восстания. Во главе этого движения от имени «истинного царя Дмитрия» встали князь Г.Шаховский, сосланный Шуйским на воеводство в Путивль, и И. Болотников, бывший боевой холоп князя Телятевского. Восстание, называемое иногда крестьянской войной под руководством Ивана Болотникова (1606— 1607гг.), было апогеем гражданской войны в России. Восставшие, в состав которых входили крестьяне, рязанские и нижегородские дворяне, служилые люди, боевые холопы, одержав победы над войсками В. Шуйского под Кромами, Ельцом и с. Троицким, осенью 1606 г. начали осаду Москвы. Однако переход на сторону правительственных войск дворянских отрядов П.Ляпунова и И. Пашкова, обеспокоенных погромами дворянских поместий, привел к поражению отрядов И. Болотникова под Москвой и его отступлению к Калуге. Помощь И. Болотникову со стороны казачьих отрядов самозванца «царевича Петра» (Илейки из Мурома) позволила восставшим отразить натиск царских войск и отступить в Тулу. Летом 1607 г. город был осажден правительственными войсками, и через четыре месяца восставшие сдались. Расправившись с предводителями восставших, В. Шуйский отказался от крупномасштабных репрессий и пытался в своих указах призвать все сословия к восстановлению законности. Но страна находилась в состоянии хаоса, массового террора, голода и эпидемий.
В конце лета 1607 г. в г. Стародубе объявился Лжедмитрий II (личность которого не поддается установлению). Ему удалось объединить разбитые отряды И. Болотникова, усилив их польскими наемниками и казаками И. Заруцкого. Вскоре он разбил правительственные войска под командованием брата царя, князя Д. Шуйского, подошел к Москве и расположился в Тушино (отсюда прозвище Лжедмитрия II «Тушинский вор»). Вновь в стране образовались две параллельные системы власти — в Москве и Тушино, контролировавшие разные регионы страны.
Оказавшись в сложном военном и финансовом положении, Василий Шуйский заключил мир со Швецией, который предусматривал предоставление России шведских наемников в обмен на крепость Корелу с округой. Шурин царя, князь М. Скопин-Шуйский, опираясь на помощь шведов, весной 1610 г. разгромил и отбросил от Москвы отряды Лжедмитрия II. Однако еще осенью 1609 г. под предлогом заключения Россией союза со Швецией, находившейся в состоянии войны с Речью Посполитой, польский король Сигизмунд III перешел к прямой агрессии и осадил Смоленск.
После поражения летом 1610 г. царских войск от поляков боярская дума вынудила Василия Шуйского отречься от престола, а затем постричься в монахи. В стране установился олигархический политический режим — «Семибоярщина», которая в августе 1610 г. призывает русский престол королевича Владислава. Однако Сигизмунд III, недовольный некоторыми статьями договора, не отпустил сына в Москву и ввел в нее свои войска. Воспользовавшись сложившейся ситуацией, шведы установили свой контроль над Новгородом. Зверства поляков в Москве на время укрепили политические позиции Лжедмитрия II. Однако в конце 1610 г. он погиб.
В такой ситуации многие регионы не признали власть ни поляков, ни кого бы то ни было, но и не проявляли сепаратистских настроений. Более того, весной 1611 г. «из разных концов земли» было сформировано первое ополчение, возглавлявмое П. Ляпуновым, Д. Трубецким и И. Заруцким, с целью освобождения Москвы от поляков. Однако внутренний конфликт Земского ополчения с казаками, убийство последними П. Ляпунова и неудачное восстание в Москве привели к распаду этого ополчения. В этой, казалось бы, безвыходной ситуации под влиянием грамот патриарха Гермогена и обращений монахов Троице-Сергиева монастыря Земской староста Кузьма Минин и князь Дмитрий Пожарский осенью 1611 г. в Нижнем Новгороде создают второе ополчение с целью освобождения Москвы и созыва Земского собора для избрания нового царя и восстановления национальной монархии.
В условиях безвластия второе ополчение взяло на себя функции государственного управления и сформировало в Ярославле Совет всей земли, в который вошли выборные от духовенства, дворянства, служилых людей по прибору, горожан, дворцовых и черносошных крестьян, были созданы также приказы. В августе 1612 г. ополчение, поддержанное в критический момент казаками Д. Трубецкого, взяло верх над польской армией гетмана К. Ходкевича, а в октябре вынудило сдаться польский гарнизон, находившийся в Москве. Вскоре Д. Пожарский созвал грамотами представителей городов и всех сословий, включая казаков и черносошных крестьян, на Земский собор для избрания царя.
В январе— феврале 1613 г. состоялся один из самых представительных в истории России Земских соборов, на котором после длительных споров царем единогласно сословными делегациями был избран Михаил Романов.
«Смута» в России стала постепенно сходить на нет. По стране продолжали еще бродить шайки «разбойников», вспыхивали отдельные казацкие, крестьянские и городские выступления. Наиболее серьезными из них были выступления казаков под руководством И. Заруцкого в 1612—1614 гг., пытавшегося посадить на русский престол «воренка» — малолетнего сына Лжедмитрия II, и восстание Баловня в 1615 г., отстаивавшего принципы вольного казачества. После ряда уступок казачеству со стороны боярской думы и обещаний не преследовать казаков за их прежние дела положение в стране стабилизировалось. В 1617—1618 гг. были нормализованы отношения со Швецией и Речью Посполитой.
Таким образом, «Смута», в период которой политическая борьба за власть переплелась с польско-шведской интервенцией и мощными народными и казацкими выступлениями, привела к развалу российской государственности, подрыву авторитета боярской и дворцовой знати. Экономика страны находилась на грани катастрофы, сложной оставалась геополитическая обстановка, тяжелые социально-психологические последствия имел массовый террор. Однако в России была восстановлена монархия и началась более чем 300-летняя эпоха династии Романовых.