Экономическое и политическое развитие страны сопровождалось крупными социальными движениями. XVII столетие не случайно названо «бунташным веком». Именно в этот период произошли две крестьянских «смуты» (восстание И. Болотникова и Крестьянская война под предводительством С. Разина) и ряд городских восстаний в середине столетия, а также Соловецкий бунт и два стрелецких восстания в последней четверти века. Историю городских восстаний открывает Соляной бунт. Указом от 1 февраля 1646 г. был введен высокий налог на соль. В 1646-1648 гг. цены на соль выросли в 3-4 раза. Народ начал голодать, в то время как тысячи пудов дешёвой рыбы сгнили на Волге: рыбопромышленники из-за дороговизны соли не смогли ее засолить. Все были недовольны. Дорогой соли было продано меньше прежнего, и казна понесла значительные убытки. В конце 1647 г. соляной итог отменили, но было уже поздно
Московский Соляной бунт отозвался восстаниями 1648-1650 гг. в других городах. Самые упорные и продолжительные восстания в 1650 г. были в Пскове и Новгороде. Они были вызваны резким повышением цен на хлеб в результате обязательства правительства поставить Швеции зерно.
В 1662 г. в Москве произошел так называемый Медный бунт, вызванный затянувшейся русско-польской войной и финансовым кризисом. Денежная реформа (чеканка обесцененных медных денег) привела к резкому падению курса рубля, что прежде всего отразилось на жаловании солдатам и стрельцам, а также ремесленникам и мелким торговцам. Верные царю стрелецкие и «иноземного строя» полки подавили бунт. В результате жестокой расправы погибло несколько сотен человек, а 18 публично повешены.
Городские восстания середины века оказались прелюдией крестьянской «войны» под предводительством С.Т. Разина 1670-1671 гг. Это движение зародилось в станицах донского казачества. Донская вольница привлекала беглых из южных и центральных областей Российского государства. Здесь они были защищены действием неписаного закона — «с Дона выдачи нет». Правительство, нуждаясь в услугах казаков для обороны южных границ, платило им жалованье и мирилось с существовавшим там самоуправлением.
Степан Тимофеевич Разин, поднимая народ против «изменников бояр», выступал от имени Алексея (сына царя Алексея Михайловича), к тому времени уже умершего. Крестьянская «война» охватила обширные районы Дона, Поволжья, Приуралья, нашла отклик на Украине. Восставшие сумели захватить Царицын, Астрахань, Саратов, Самару и др. города. Однако род Симбирском Разин был разбит, а затем выдан «домовитыми» казаками и казнен.
Кризис социальный сопровождался кризисом идеологическим. Примером перерастания религиозной борьбы в социальную является Соловецкое восстание» 1668-1676 гг. Началось оно с того, что братия Соловецкого монастыря наотрез отказалась принять исправленные богослужебные книги. Правительство решило укротить непокорных монахов путем блокады монастыря и конфискации его земельных владений. Высокие толстые стены, богатые запасы продовольствия растянули осаду монастыря на несколько лет. В ряды восставших встали и разинцы, сосланные на Соловки. Только в результате предательства монастырь был захвачен, из 500 его защитников в живых осталось лишь 60.
В целом, народные восстания XVII в. имели двойственное значение для развития страны. Во-первых, они отчасти играли роль ограничителя эксплуатации и злоупотребления
властей. А во-вторых — еще больше подталкивали централизацию и укрепление госаппарата.
Во второй половине XVII в. возникают противоречия между церковью и государством. Укрепление самодержавия в России сопровождалось стремлением светской власти поставить под свой контроль хозяйственную деятельность церкви, ограничить рост монастырского землевладения, судебный и фискальный иммунитет монастырей, а также «белого» духовенства. Это, естественно, встречало сопротивление церковных иерархов, особенно после того, как в 1652 г. главой русской православной церкви стал патриарх Никон, последовательно отстаивавший принцип «симфонии властей».