В отличие от коллегий министерства обладали большей оперативностью в управлении, в них усилилась персональная ответственность руководителей. Новыми министерствами были: 1) Министерство внутренних дел; 2) министерство просвещения. На министерство внутренних дел было возложено кроме задач по поддержанию общественного порядка еще и управление промышленностью и строительством. В 1811 году издается документ «Общее учреждение министерств» (подготовлен Сперанским). Министрам вверялась исполнительная власть, все они непосредственно подчинялись императору. Министры и товарищи министров (заместители) назначались императором. В аппарате министерств были департаменты и канцелярии, которые возглавлялись директорами. После декабрьских событий 1825 года правительство предприняло ряд мер по усилению государственной и политической безопасности. В 1810 году создано министерство полиции, а в 1811 году начинают формироваться подразделения внутренней стражи.
В 1812 году получил законодательное оформление Комитет министров. В его состав входили: министры, председатели департаментов Госсовета и др. лица (по назначению императора). Комитет министров рассматривал вопросы управления страной, отчеты министров. Он должен был быть высшим административным органом, т.е. направлять деятельность министров. Но на практике этот орган часто подменял министров. Он был совещательным учреждением при царе и, к сожалению, самостоятельной власти не имел. После 1825 года значение этого органа стало падать, усилилась роль Собственной его величества Канцелярии. С 20-х годов XIX века Сенат стал высшим судебным органом, другие его функции сошли на нет.