В целом, однако, успехи Красной Армии оказались временными и непрочными. Пока она одерживала победы на Западном и Южном фронтах, с другого конца начинал раскручиваться новый, не менее грозный виток гражданской войны, знаменующий переход к ее второму этапу, когда Советской республике противостоял ряд военно-диктаторских режимов. Сначала осенью 1918 г. против красных восстали рабочие Ижевского и Воткинского заводов на Урале. Это восстание было особенно болезненным симптомом для большевиков, поскольку они всегда рассматривали рабочий класс как свою твердую и надежную опору. Восстание с трудом удалось подавить, однако перешедшие в лагерь противника "ижевцы" и "воткинцы" еще долго наносили уколы красным в составе белых армий. В ноябре 1918 г. адмиралом А.В. Колчаком, военным министром Уфимской Директории — правительства, объединившего под своей властью ряд государственных образований на территории России, был осуществлен военный переворот. Колчак провозгласил себя "верховным правителем России" со столицей в Омске и на время становится главным противником советской власти. Его войска в начале 1919 г. быстро продвигаются к Волге, нанося Красной Армии поражение за поражением, и вплотную подступают к Самаре. На юге генерал Деникин объединил все антибольшевистские силы и в апреле 1919 г. начал наступление сразу в трех направлениях: на Царицын, Воронеж и Харьков. Летом войска Деникина занимают всю Украину, а осенью начинают продвигаться к Москве. На западе созданный под германской эгидой Северный корпус развернулся в Северо-Западную армию, которая под командованием сперва генерала А.П. Родзянко, а затем генерала Н.Н. Юденича дважды (в мае и октябре) вплотную подступает к бывшей пролетарской столице — Петрограду. На севере наступление вели войска генерала Миллера. Обозначились признаки консолидации в лагере белых. В мае 1919 г. Деникин заявил о своем признании власти "верховного правителя России". То же самое сделал Миллер и другие генералы. Советская власть снова повисла на волоске.
И вдруг, словно по мановению волшебной палочки, наступающие фронты рушатся один за другим. Колчаковский фронт был прорван в районе Бугуруслана и Бугульмы, значительные силы его были окружены и уничтожены, после чего ему уже не удалось оправиться. В ноябре пала столица Колчака — Омск. Остатки его армии уходили дальше на восток. В октябре были разгромлены наступающие части Деникина под Воронежем и Орлом. В боях отличилась 1-я Конная армия С.М. Буденного. Деникинская армия покатилась на юг. Разбитый у Пулковских высот под Петроградом Юденич укрылся в Эстонии. Разлагающийся режим генерала Миллера, потеряв поддержку английских войск, вывезенных из России, не смог противостоять большевикам. Большую помощь Красной Армии оказывало повстанческое и партизанское движение, развернувшееся повсеместно в тылу белых армий. К концу 1919 г. ход военных действий явно обратился в пользу Советов. В дальнейшем уже ни польскo-советскaя война, ни война с генералом Врангелем в Крыму непосредственной угрозы для существования советской власти не представляли.