Централизация и бюрократизация привели к кризису и самой основы новой власти — советской представительной системы. Реальная власть все больше "уплывала" из рук представительных органов в сторону аппаратных структур. Работа съездов, сессий Советов подменялась деятельностью исполкомов или неконституционных органов — ревкомов, различного рода "революционных" троек, пятерок, трибуналов и других "чрезвычаек". Выборы в Советы проводились не всегда и не везде, а избирательная активность населения резко упала. С апреля 1919 г. председателем ВЦИК на место умершего Свердлова, человека достаточно энергичного и самостоятельного, был поставлен "старый" большевик М.И. Калинин, питерский рабочий из крестьян Тверской губернии, фигура скорее символическая, призванная олицетворять союз рабочего класса и крестьянства, чем реально значимая личность в политическом руководстве. В феврале 1920 г. на сессии ВЦИК был утвержден устав о фракциях во внепартийных учреждениях, который фактически ставил деятельность Советов под полный контроль партийных комитетов.
Примерно те же процессы происходили в профсоюзах, кооперативах и других организациях, деятельность которых сводилась главным образом к работе аппаратных структур под контролем партийного руководства. Была сделана попытка произвести огосударствление профсоюзов, организовать их работу на военно-принудительных началах. С такой идеей "завинчивания гаек военного коммунизма" в конце 1920 г. выступил Троцкий, который, возглавляя "попутно" НКПС проводил жесткую милитаризацию на транспорте.