Так казачество получило знамя, лицевая сторона которого призывала к борьбе за веру и за народ русский, а оборотная — к истреблению или изгнанию панов и шляхты из Украйны. Но это знамя не объединяло всего казачества. Еще в XVI в. среди него началось экономическое раздвоение. Казаки, ютившиеся по пограничным городам и жившие отхожими промыслами в степи, потом начали оседать на промысловых угодьях, заводить хутора и пашни. В начале XVII в. иные пограничные округа, как Каневский, были уже наполнены казацкими хуторами. Заимка, как обыкновенно бывает при заселении пустых земель, становилась основанием землевладения. Из этих оседлых казаков‑землевладельцев преимущественно вербовалось реестровое казачество, получавшее от правительства жалованье. С течением времени реестровые разделились на территориальные отряды, полки, по городам, служившим административными средоточиями округов, где жили казаки. Договор казаков с коронным гетманом Конецпольским в 1625 г. установил реестровое казацкое войско в 6 тыс. человек; оно делилось тогда на шесть полков (Белоцерковский, Корсунский, Каневский, Черкасский, Чигиринский и Переяславский); при Б. Хмельницком полков было уже 16, и в них числилось свыше 230 сотен. Начало этого полкового деления относят ко времени гетмана Сагайдачного (ум. в 1622 г.), который является вообще организатором малороссийского казачества. В образе действий этого гетмана и вскрылся внутренний разлад, таившийся в самом складе казачества. Сагайдачный хотел резко отделить реестровых казаков, как привилегированное сословие, от простых посполитых крестьян, переходивших в казаки, и на него жаловались, что при нем поспольству было тяжело. Шляхтич сам по происхождению, он и на казачество переносил свои шляхетские понятия. При таком отношении борьба казачества с Украйнской шляхтой получала особый характер: ее целью становилось не очищение Украйны от пришлого иноплеменного дворянства, а замещение его своим туземным привилегированным классом; в реестровом казачестве готовилась будущая казацкая шляхта. Но истинная сила казачества заключалась не в реестровых. Реестр даже в составе 6 тысяч вбирал в себя не более десятой доли того люда, который причислял себя к казачеству и присвоял казацкие права. Это был вообще народ бедный, бездомный, голота, как его называли. Значительная часть его проживала в панских и шляхетских вотчинах и в качестве вольных казаков не хотела нести одинаковых с посполитыми крестьянами повинностей. Польские управители и паны не хотели знать вольностей этого народа и старались повернуть вольницу в поспольство. Когда польское правительство нуждалось в боевом содействии казаков, оно допускало в казацкое ополчение всех, реестровых и нереестровых, но по миновании надобности вычеркивало, выписывало лишних из реестра, чтобы вернуть их в прежнее состояние. Эти выпищики, угрожаемые хлопской неволей, скоплялись в своем убежище Запорожье и оттуда вели восстания. Так зачинались казацкие мятежи, которые идут с 1624 г. на протяжении 14 лет под предводительством Жмайла, Тараса, Сулимы, Павлюка, Остранина и Гуни. Реестр при этом или расходился на две стороны, или весь становился за поляков. Все эти восстания были неудачны для казаков и кончились в 1638 г. потерей важнейших прав казачества. Реестр был обновлен и поставлен под команду польских шляхтичей; место гетмана занял правительственный комиссар; оседлые казаки потеряли свои наследственные земли; нереестровые возвращены в панскую неволю. Вольное казачество было уничтожено. Тогда, по выражению малороссийского летописца, всякую свободу у казаков отняли, тяжкие небывалые подати наложили, церкви и службу церковную жидам запродали.