Запуск модели на выполнение производится в AnyLogic в соответствии с определенным набором значений параметров модели, а также с некоторыми дополнительными установками (например, точность, шаг численных методов и т. п.). Совокупность всех установок для проведения компьютерного эксперимента с моделью называется в AnyLogic экспериментом. Все эксперименты, возможные для выполнения в данном проекте, представлены как элементы группы (корня) с именем Эксперименты в окне проекта. Один такой эксперимент с названием simulation уже построен при создании нового проекта с установками по умолчанию, он и выбран в качестве текущего (название текущего эксперимента показано жирным шрифтом).
Значения параметров, режим реального либо виртуального времени при выполнении эксперимента, условие прекращения выполнения эксперимента и многое другое, относящееся к проведению эксперимента, можно до запуска модели установить в окне свойств объекта simulation, являющегося в данном проекте единственным элементом группы эксперименты в дереве классов модели. В окне Свойства объекта simulation вы можете увидеть эти параметры и поменять установки, прежде чем запустить модель. Например, на вкладке Дополнительные можно определить условие остановки выполнения модели по времени как целое число единиц модельного времени и запустить модель. Полный набор свойств экспериментов описан в руководстве пользователя AnyLogic.
Для одной и той же модели в AnyLogic можно определить несколько различных экспериментов на этапе построения модели.