Для загрузки операционные системы Windows 95/98 используют операционную систему MS DOS 7.0 (MS DOS 98). и в случае если в секции [Options] файла MSDOS.SYS имеется строка BootGUI= 0, процессор работает в обычном реальном режиме. Распределение памяти в MS DOS 7.0 такое же, как и в предыдущих версиях DOS. Однако при загрузке интерфейса GUI перед загрузкой ядра Windows 95/98 процессор переключается в защищенный режим работы и начинает распределять память уже с помощью страничного механизма.
Приложения и подсистемы Windows 9х (за исключением ядра) никогда не работают с физической памятью. Разделение на виртуальную и физическую память является ключевым аспектом работы системы. Приложения и подсистемы Windows 9х имеют дело с определенными интерфейсами прикладного программирования и виртуальными адресными пространствами. Базовая система работает как с физической памятью, так и с виртуальными адресными пространствами.